医疗期结束仍不能工作解除劳动合同，经济补偿金通常是按照劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资来计算，而非仅按照医疗期前的平均工资。以下是对此问题的详细分析：

一、经济补偿金的计算原则

根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条的规定，经济补偿金是按照劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。这里的“月工资”指的是劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。这一计算方式涵盖了劳动者在该期间内的所有收入，包括基本工资、绩效工资、奖金、津贴等，除非有特别约定或法律规定排除某些收入项目。

二、医疗期工资在经济补偿金中的处理

1. 医疗期工资的性质：医疗期工资是劳动者在患病或非因工负伤治疗期间应得的待遇，其数额可以低于当地最低工资标准，但不能低于最低工资标准的百分之八十。这部分工资属于劳动者在劳动合同解除或终止前十二个月内的收入，因此应被纳入经济补偿金的计算范围。

2. 医疗期对平均工资的影响：如果劳动者的医疗期发生在劳动合同解除或终止前的十二个月内，并且该医疗期对平均工资的计算产生了实质性影响（如医疗期时间较长，导致正常工作时间不足十二个月），那么医疗期工资应被计入经济补偿金的计算基数。此时，需将医疗期工资与正常工作期间的工资一起汇总后，除以实际工作的月数（不超过十二个月）来确定平均工资。

3. 不计入医疗期工资的情况：如果医疗期未发生在劳动合同解除或终止前的十二个月内，或者虽然发生在此期限内但并未对平均工资的计算产生实质性影响，那么医疗期工资就不应单独计入经济补偿金的计算，而是按照正常工作期间的工资来计算平均工资。

三、经济补偿金的具体计算方法

经济补偿金的具体计算方法是：根据劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。这里的“月工资”是指按照上述原则确定的劳动者在劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。

计算公式： \(经济补偿金 = 工作年限 \times 月平均工资\) 其中，月平均工资为劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资（包含医疗期工资，如果医疗期在此期间内且对平均工资有实质性影响）。

四、特殊情况的处理

• 高收入劳动者：若劳动者的月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资的三倍，经济补偿的标准将按职工月平均工资三倍的数额支付，且支付年限最高不超过十二年。
• 违法解除劳动合同：若用人单位在医疗期结束后，未遵循法定程序（如未提前通知或未支付代通知金）即解除劳动合同，或未为劳动者另行安排合适工作即解除劳动关系，均构成违法解除。此时，用人单位需按照经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。

五、建议与注意事项

1. 保留相关证据：劳动者在医疗期结束后，应保留好与用人单位沟通的记录、医疗证明、工资单等相关证据，以便在发生争议时维护自己的合法权益。
2. 及时咨询专业律师：如果劳动者对经济补偿金的计算或用人单位的解除行为有疑问，应及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务。

综上所述，医疗期结束仍不能工作解除劳动合同，经济补偿金通常是按照劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资来计算。在处理具体案件时，应根据实际情况进行具体分析，以确保经济补偿金的计算既符合法律法规的规定，又能够公平合理地保护劳动者的合法权益。如果您有进一步的疑问或需要具体的法律帮助，请直接向我咨询。