结论前置：医疗期满后不能工作，解除合同的补偿金按十二个月平均工资计算时，这十二个月的平均工资通常是不包含医疗期内的工资的，但具体还需根据实际情况和法律规定来确定。

一、法律规定角度

根据《劳动合同法》的相关规定，当劳动者医疗期满后不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作时，用人单位可以提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，解除劳动合同，并需要支付经济补偿。经济补偿的计算标准是按照劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。这里的“月工资”是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。

关键点：

• 经济补偿的计算依据是劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
• 这十二个月通常指的是劳动者正常提供劳动的月份，医疗期内的工资往往低于正常工资水平，甚至可能为零（如果医疗期内未提供劳动且单位未支付工资），因此，在计算经济补偿时，医疗期内的工资一般不被纳入这十二个月的平均工资计算中。

二、实际操作角度

1. 如果医疗期内单位支付了工资：

   • 即使医疗期内的工资低于正常水平，但如果单位实际支付了工资，那么这部分工资在计算十二个月平均工资时是需要被考虑进去的。不过，由于医疗期内的工资通常较低，对整体平均工资的影响有限。

2. 如果医疗期内单位未支付工资：

   • 在这种情况下，医疗期内的月份不会被计入计算十二个月平均工资的月份中。单位会选择劳动者正常提供劳动的十二个月来计算平均工资。

3. 特殊情况：

   • 如果劳动者在医疗期满前已经与单位协商一致，或者根据单位的规章制度，医疗期内的工资计算方式有特殊规定（如按照一定比例支付），那么这些特殊规定可能会影响经济补偿的计算。

三、建议与注意事项

1. 保留证据：

   • 劳动者应保留好与医疗期、工资支付相关的所有证据，如医疗证明、工资条、银行转账记录等，以便在需要时证明自己的权益。

2. 咨询专业意见：

   • 由于经济补偿的计算涉及多个因素，且每个案件的具体情况都可能不同，因此建议劳动者在面临此类问题时咨询专业律师的意见，以确保自己的权益得到妥善保护。

3. 注意时效性：

   • 劳动者在知道或应当知道自己的权益被侵害后，应及时采取行动，如与单位协商、申请劳动仲裁等，以免超过法定时效而丧失维权机会。

举例说明：假设劳动者在单位工作了5年，医疗期为6个月，医疗期内单位未支付工资。医疗期满后，单位以劳动者不能从事原工作为由解除劳动合同。那么，在计算经济补偿时，单位应选择劳动者正常提供劳动的十二个月来计算平均工资，而不是将医疗期内的月份也计算在内。如果劳动者正常提供劳动的十二个月平均工资为5000元，那么单位应支付的经济补偿为5个月×5000元/月=25000元。

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