结论：员工生病期间公司停缴社保一般不合法，但存在特殊情况需具体分析。以下分情况详细说明：

1. 员工生病但未丧失劳动能力或未被认定为工伤

• 法律义务：根据《社会保险法》和《劳动合同法》，用人单位与劳动者建立劳动关系后，必须依法为员工缴纳社保（包括医疗、养老、工伤等险种），缴纳义务不因员工生病而免除。即使员工因病短期无法工作，只要劳动关系存续，公司就需持续缴纳社保。
• 例外情形：若员工主动提出停缴（如自愿放弃社保），或双方协商一致停缴（但此类协议因违反法律强制性规定通常无效），公司仍可能面临行政处罚（如补缴、滞纳金等）。

2. 员工生病被认定为工伤

• 特殊保护：根据《工伤保险条例》，员工因工受伤或患职业病期间，公司不仅需继续缴纳社保，还需承担工伤医疗费用、停工留薪期工资等。停缴社保将直接剥夺员工享受工伤保险待遇的权利，公司可能面临行政处罚及工伤赔偿诉讼。

3. 员工长期病假导致劳动合同解除

• 合法解除情形：若员工因病无法从事原工作，且经调岗后仍不能胜任，或医疗期满后仍无法工作，公司可依据《劳动合同法》第40条解除劳动合同。解除后，公司无需再缴纳社保，但需支付经济补偿金（N个月工资）及医疗补助费（部分地区要求）。
• 违法解除风险：若公司未履行法定程序（如未提前30日通知、未支付补偿金）直接停缴社保，可能构成违法解除，需承担赔偿金（2N个月工资）及补缴社保的责任。

4. 公司停缴社保的法律后果

• 行政责任：社保部门可责令公司补缴社保、加收滞纳金，并处以罚款（如欠缴数额1-3倍）。
• 民事责任：员工可要求公司赔偿因停缴社保导致的损失（如无法报销的医疗费、养老金损失等）。
• 刑事责任：若公司通过伪造材料等方式逃避缴纳社保，可能涉嫌逃税罪（刑法第201条）。

行动建议

1. 员工角度：若公司停缴社保，可先与公司协商补缴；协商不成，可向当地社保部门投诉或申请劳动仲裁，要求补缴社保并赔偿损失。
2. 公司角度：若因经营困难需停缴社保，应依法申请缓缴（需符合地方政府规定条件），而非擅自停缴；若需解除劳动合同，务必履行法定程序并支付补偿金。

如有具体案件细节（如病假时长、是否认定工伤等），可进一步向我咨询，我会结合证据材料提供针对性方案。