结论前置：工资只发90%是否违法，需根据具体情况判断，若用人单位无正当理由扣减工资至90%，则可能构成违法；若因法定事由（如旷工、事假等）或双方约定（如绩效考核不达标等）扣减，且扣减比例合理，则可能不违法。以下从不同角度详细分析：
一、法定工资支付要求
根据《中华人民共和国劳动法》及《工资支付暂行规定》，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这里的“克扣”是指用人单位无正当理由扣减劳动者应得工资的行为。
二、可能合法的扣减情形
法定事由：如劳动者因旷工、事假等未提供正常劳动，用人单位可以按照规章制度或劳动合同约定扣减相应工资。但扣减比例应当合理，且不得违反法律法规的强制性规定。
双方约定：如劳动合同或规章制度中明确约定了绩效考核标准，且劳动者未达到考核标准，用人单位可以按照约定扣减绩效工资。但同样，扣减比例应当合理，且不得低于当地最低工资标准。
三、可能违法的扣减情形
无正当理由扣减：若用人单位无正当理由扣减劳动者工资至90%，且未与劳动者协商一致，则可能构成违法。劳动者有权要求用人单位补足工资差额，并可能依据相关法律法规要求用人单位支付赔偿金。
扣减比例过高：即使存在法定事由或双方约定，若扣减比例过高，导致劳动者工资低于当地最低工资标准，则用人单位的行为也可能构成违法。根据《最低工资规定》，用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。
四、具体判断与建议
审查劳动合同和规章制度：劳动者应首先审查自己的劳动合同和用人单位的规章制度，了解工资支付的相关规定和扣减工资的条件。
与用人单位协商：若劳动者认为用人单位扣减工资的行为违法，可以与用人单位进行协商，要求补足工资差额。
申请劳动仲裁或提起诉讼：若协商无果，劳动者可以向当地劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，或直接向人民法院提起诉讼，维护自己的合法权益。
举例说明：假设劳动者月工资为5000元，用人单位无正当理由扣减10%即500元，仅支付4500元。此时，若劳动者未旷工、未事假，且绩效考核达标，则用人单位的行为可能构成违法。劳动者有权要求用人单位补足500元工资差额，并可能依据相关法律法规要求用人单位支付赔偿金。
总结与建议：工资只发90%是否违法，需根据具体情况判断。劳动者应了解自己的权益和用人单位的规章制度，若认为用人单位扣减工资的行为违法，应及时与用人单位协商或寻求法律援助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。