公司长期只发工资是否违法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从多个角度进行分析：
一、一般情况下的合法性判断
最低工资保障：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四十八条，国家实行最低工资保障制度，用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。因此，如果公司支付的工资不低于当地最低工资标准，且员工正常出勤并完成了工作任务，那么公司长期只发工资（假设这里的“工资”指的是不低于最低工资标准的报酬）在形式上并不违法。
劳动合同约定：
- 若劳动合同中明确约定了工资构成及具体数额，且该数额高于最低工资标准，公司应按照约定足额支付。若公司长期只发低于合同约定的工资，则构成违约行为，员工有权要求公司补足差额。
二、特殊情况下的违法性判断
未足额支付其他劳动报酬：
- 除了基本工资外，公司可能还需支付加班工资、津贴、补贴等其他应得报酬。如果公司长期只发基本工资而未支付这些额外报酬，则构成违法。
绩效考核与合法调薪：
- 如果公司有完善、合法的绩效考核制度，并经过民主程序制定及公示，员工知晓考核标准和后果。在此情况下，若员工绩效考核不达标，公司按照制度降低工资（但不得低于最低工资标准），则不违法。然而，若公司无正当理由或未经合法程序单方面降低工资，则构成违法。
违反同工同酬原则：
- 公司内部相同或相似岗位的员工应享受同等工资待遇。若公司对部分员工长期只发较低工资，而对从事相同工作的其他员工支付更高工资，则违反同工同酬原则，构成违法。
特殊保护规定：
- 对于女职工等特定群体，法律有额外保护。如因怀孕、生育、哺乳等原因，公司不得降低其工资标准。若公司违反这些规定，则构成违法。
三、非因劳动者原因停工停产的情况
- 非因劳动者原因造成单位停工、停产在一个工资支付周期内的，公司应按劳动合同规定的标准支付工资。超过一个工资支付周期的，若劳动者提供正常劳动，则支付的劳动报酬不得低于最低工资标准；若未提供正常劳动，公司应按国家有关规定办理（如发放生活费）。
四、劳动者权益保护与救济途径
若公司存在长期只发工资且构成违法的行为，劳动者有权采取以下措施维护自身权益：
- 与公司沟通协商：要求公司说明原因并解决问题，如补足工资差额等。
- 向劳动监察部门投诉：劳动监察部门会依法对公司进行调查和处理，确保劳动者的合法权益得到保障。
- 申请劳动仲裁：若协商和投诉无果，劳动者可以向劳动仲裁机构申请仲裁，要求公司承担相应的法律责任。
总结与建议：公司长期只发工资是否违法，需根据具体情况判断。劳动者应了解自身权益，并在权益受损时采取适当的救济措施。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。