结论前置：公司工资只发一部分人，在大多数情况下是不合法的。不过，也存在一些特殊情况可能不构成违法，下面我将从多个角度详细分析。
一般情况下的不合法性
根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。同时，《工资支付暂行规定》第七条也强调，工资必须在约定的日期支付，且至少每月支付一次。《中华人民共和国劳动合同法》第三十条进一步明确了用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，及时足额支付劳动报酬的义务。
- 法律后果：如果公司无故只发一部分人的工资，即构成克扣工资，违反了上述法律规定。劳动者在遭遇此类情况时，有权依法向当地人民法院申请支付令，要求用人单位支付应得的全部工资。若用人单位未按照劳动合同约定或国家规定及时足额支付劳动报酬，劳动行政部门还可责令其限期支付，并可能要求其支付赔偿金。
特殊情况下的合法性分析
协商一致：
- 情况说明：若用人单位与劳动者经过平等协商，达成一致意见，如部分劳动者因个人原因提出先领取一部分工资，且用人单位同意，此情况视为双方在自愿、平等的基础上对工资支付方式进行了变更。
- 法律后果：在此情况下，公司工资只发一部分人是合法的，但需要有明确的书面协议或记录作为证据。
法定扣除情形：
- 情况说明：用人单位可在法律允许的范围内代扣费用，如个人所得税、社会保险费用等。但扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。
- 法律后果：若扣除后剩余工资仍不低于最低工资标准，且扣除项目符合法律规定，则公司工资只发一部分（即扣除后的部分）是合法的。
经营困难与工资调整：
- 情况说明：企业因自然灾害、战争等非人力所能抗拒的原因无法按时支付工资，或因生产经营困难、资金周转受影响而暂时延期支付工资（最长不得超过30日），并在征得本单位工会同意后与劳动者协商一致，先发放一部分工资，待经营状况好转后再补发剩余部分。
- 法律后果：在此情况下，公司工资只发一部分人在法律允许范围内，但同样需要有明确的书面协议或记录，并确保最终能补发剩余工资。
劳动者权益保护与用人单位责任
劳动者权益保护：
- 劳动者在遭遇工资未足额支付时，应积极维护自己的合法权益。除了向法院申请支付令外，还可以向劳动监察部门举报，要求用人单位支付全部应得工资。
- 辞职时，劳动者有权要求用人单位支付全部应得工资；若被拒绝，可通过法律途径追究其法律责任。
用人单位责任与后果：
- 用人单位应严格遵守国家法律法规，按时足额支付工资。若因特殊情况需要调整工资支付方式，应与劳动者充分协商并达成一致意见。
- 若未按照劳动合同约定或国家规定及时足额支付劳动报酬，用人单位不仅可能面临劳动行政部门的处罚，还可能损害自身声誉和员工关系。
总结与建议：公司工资只发一部分人，在大多数情况下是不合法的。劳动者应了解自己的权益并采取相应措施维护自身合法权益；同时，用人单位也应严格遵守相关法律法规，确保按时足额支付劳动者工资。若遇到特殊情况需要调整工资支付方式，建议用人单位与劳动者充分协商并达成书面协议，以避免法律纠纷。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。