结论前置：公司因自身原因只发底薪是否违法，需根据具体情况判断。在员工正常出勤且完成工作任务、无合法调薪情形或特殊保护规定下，仅支付底薪（若底薪低于劳动合同约定工资或当地最低工资标准）通常违法；而在特定合法情形下，如绩效考核不达标、经营困难等，且不低于最低工资标准，则可能不违法。

详细分析：

1. 劳动合同约定与最低工资标准：

   • 若劳动合同中明确约定了工资标准，且该标准高于底薪，公司应按照约定足额支付。仅支付底薪将违反合同约定及《劳动法》关于工资支付的规定。
   • 根据《中华人民共和国劳动法》第四十八条，国家实行最低工资保障制度，用人单位支付劳动者的工资不得低于当地最低工资标准。若底薪低于当地最低工资标准，则公司行为违法。

2. 绩效考核与合法调薪：

   • 若公司有完善、合法的绩效考核制度，并经过民主程序制定及公示，员工知晓考核标准和后果。在此情况下，若员工绩效考核不达标，按照制度降低工资至不低于最低工资标准，则不违法。但需注意，调薪需有合理依据，且不得违反同工同酬原则。
   • 若公司因经营困难、资金周转等客观原因，经与工会或职工代表大会协商一致，并向员工说明情况后适当降低工资（但仍需不低于最低工资标准），也不违法。但公司需保留相关证据，以证明调薪的合法性和合理性。

3. 特殊保护规定：

   • 对于女职工等特定群体，法律有额外保护。如因怀孕、生育、哺乳等原因仅发放底薪（若底薪低于其应得工资），则违反《女职工劳动保护特别规定》，构成违法。
   • 若员工因工伤、职业病等原因需要休息，公司应按照相关规定支付工伤津贴或病假工资，而非仅发放底薪。

4. 非因劳动者原因停工停产的情况：

   • 非因劳动者原因造成单位停工、停产在一个工资支付周期内的，应按劳动合同规定的标准支付工资。若公司仅发放底薪，则可能违法。
   • 超过一个工资支付周期的，若劳动者提供正常劳动，则支付的劳动报酬不得低于最低工资标准；若未提供正常劳动，应按国家有关规定办理（如发放生活费）。在此情况下，若公司仅发放底薪且低于相关规定标准，则可能违法。

劳动者权益保护与救济途径：

若公司存在仅发底薪且构成违法的行为，劳动者有权采取以下措施维护自身合法权益：

1. 与公司沟通协商：要求公司说明原因并解决问题，如补足工资差额等。
2. 向劳动监察部门投诉：劳动监察部门会依法对公司进行调查和处理，确保劳动者的合法权益得到保障。
3. 申请劳动仲裁：若沟通协商和投诉无果，劳动者可以向劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求公司补足工资差额并承担相应的法律责任。

建议：

• 劳动者应仔细阅读劳动合同，了解自己的工资标准和支付方式。
• 若公司存在仅发底薪等违法行为，劳动者应及时收集证据（如工资条、考勤记录等），以便在维权时提供有力支持。
• 在与公司沟通协商或申请劳动仲裁时，劳动者可以寻求专业律师的帮助，以确保自己的权益得到充分保障。

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