结论：用人单位员工没有干满三个月工资只发百分之六十，这一做法通常是违法的，但具体还需根据劳动合同或公司规章制度中的相关约定以及实际情况来判断。
分析说明：
法律规定：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者享有取得劳动报酬的权利，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。这意味着，除非劳动合同或公司规章制度中有特别约定，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，否则用人单位不得随意克扣劳动者的工资。
劳动合同或公司规章制度：
- 如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了员工未干满一定期限（如三个月）时，工资将按一定比例（如百分之六十）发放，并且这一规定不违反法律法规的强制性规定，那么用人单位的做法可能是合法的。但这种情况较为少见，因为通常这样的规定会被视为对劳动者权益的不合理限制。
- 然而，如果劳动合同或公司规章制度中没有这样的规定，或者规定本身违反了法律法规的强制性规定，那么用人单位的做法就是违法的。
实际情况判断：
- 在实际操作中，如果用人单位以员工未干满三个月为由，单方面决定只发放百分之六十的工资，而没有合理的依据或事先的约定，那么这种做法很可能构成违法克扣工资。劳动者有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，要求用人单位补发被克扣的工资。
法律建议：
- 对于劳动者：如果遇到用人单位以未干满一定期限为由克扣工资的情况，首先应查看劳动合同或公司规章制度中是否有相关约定。如果没有约定或约定违法，可以向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，维护自己的合法权益。
- 对于用人单位：应严格遵守法律法规的规定，不得随意克扣劳动者的工资。如果确实需要设定类似的条件（如试用期工资比例），应在劳动合同或公司规章制度中明确约定，并确保该约定不违反法律法规的强制性规定。
可能后果：
- 如果用人单位违法克扣工资，除了需要补发被克扣的工资外，还可能面临劳动监察部门的处罚，如罚款、责令改正等。同时，这种行为也可能影响用人单位的声誉和劳动关系稳定性。