针对餐饮店关店整改导致员工超休的情况，工资及休假补偿的计算需结合具体情形和法律规定来综合判断，以下是详细分析：

1. 关店整改的性质认定
   首先需明确关店整改是临时性停工（如设备维修、消防整改，预计1-2周内恢复）还是长期停业（如经营策略调整，预计超过1个月）。

   • 若为临时性停工：根据《工资支付暂行规定》第12条，非因劳动者原因停工的，第1个工资支付周期内（通常为1个月）应按劳动合同约定支付工资；超过1个周期的，若劳动者提供了正常劳动，工资不得低于当地最低工资标准；若未提供劳动，可按不低于最低工资标准的70%支付生活费（具体比例以地方规定为准，如北京为70%，上海为全额最低工资）。
     
   • 若为长期停业：可能涉及《劳动合同法》第40条“客观情况发生重大变化”，此时需与员工协商变更合同（如调岗、缩短工时）或解除合同。若解除合同，需支付经济补偿金（按工作年限，每满1年支付1个月工资）。

2. 员工“超休”的具体情形

   • 员工主动申请休假：若员工在停工期间申请年休假、调休假等，企业应优先安排，且需按正常工资支付（年休假工资为日工资的300%，含本数）。
     
   • 企业安排休假：若企业因停工统一安排员工休假，需区分性质：
     
     • 安排年休假：需与员工协商一致，且按正常工资支付；
       
     • 安排待岗（无薪休假）：需符合地方规定（如北京允许企业与工会或职工代表协商后安排待岗，待岗期间按最低工资70%支付生活费）。
       
   • 员工拒绝休假仍要求出勤：若企业未停工但因整改减少工时（如缩短营业时间），员工实际出勤不足的，企业可按实际工作时间支付工资；若员工主张全额工资，需结合劳动合同约定及整改是否导致“无法提供劳动条件”来判断。

3. 地方性规定的差异
   部分地区对停工期间工资支付有更细致的规定，例如：

   • 广东：企业停工超过1个周期且未解除合同的，可按不低于当地最低工资标准的80%支付生活费；
     
   • 江苏：停工期间生活费不得低于当地最低工资标准的80%，且需承担员工社保个人部分；
     
   • 浙江：停工超过30日的，企业需与职工协商变更劳动合同，未达成一致的可解除合同并支付经济补偿。
     建议：企业需查询当地工资支付条例或人社部门文件，确保合规。

4. 实务操作建议

   • 书面通知：关店整改前应向员工发送书面通知，说明停工原因、期限及工资支付方案，避免口头沟通引发争议；
     
   • 协商优先：与员工或工会协商停工期间的安排（如调休、待岗、部分出勤），并留存协商记录；
     
   • 合规支付：严格按地方规定支付停工期间工资或生活费，避免因拖欠引发劳动仲裁；
     
   • 解除合同谨慎：若需长期停业并解除合同，需履行协商程序并支付经济补偿，否则可能构成违法解除（需支付2倍经济补偿的赔偿金）。

总结：关店整改导致员工超休的工资计算需结合停工性质、地方规定及员工实际出勤情况。企业应优先协商、合规支付，并保留相关证据以规避风险。若有具体案例或地方政策疑问，可进一步向我咨询。