已工作两年的公务员发现档案有问题，并不一定会被直接开除，这取决于档案问题的性质、严重程度以及单位的具体处理方式。以下从不同角度为你详细分析：

档案问题的性质与严重程度

1. 轻微瑕疵或错误：

   • 如果档案中的问题属于轻微瑕疵或错误，如个人信息填写不完整、某些非关键性材料的缺失等，通常不会直接导致开除。单位可能会要求公务员补充或更正相关材料，并视情况给予一定的处理期限。

2. 严重违规或违法行为：

   • 如果档案中的问题涉及严重违规或违法行为，如伪造学历、工作经历等，且这些行为被证实，那么公务员可能会面临严重的纪律处分，包括开除。因为这类行为严重违反了公务员的职业道德和纪律要求，损害了公务员队伍的纯洁性和公信力。

单位的具体处理方式

1. 调查核实：

   • 当单位发现公务员档案有问题时，通常会进行调查核实，以确定问题的性质和严重程度。这一过程中，公务员有权进行陈述和申辩，单位也会充分考虑其意见和证据。

2. 纪律处分：

   • 根据调查结果，单位会依据相关法律法规和纪律规定，对公务员作出相应的纪律处分。处分种类包括警告、记过、记大过、降级、撤职、开除等。对于档案问题，如果情节较轻，可能会给予警告或记过等较轻的处分；如果情节严重，则可能会给予开除等严厉的处分。

3. 申诉与救济：

   • 如果公务员对单位的处分决定不服，可以依法提出申诉或申请复核。在申诉或复核过程中，公务员可以提供新的证据或理由来支持自己的主张，单位也会重新审查并作出相应的处理。

法律建议

1. 及时沟通：

   • 如果公务员发现自己的档案有问题，应及时与单位人事部门沟通，了解问题的具体情况和可能的后果。同时，积极配合单位的调查和处理工作，如实提供相关材料和证据。

2. 寻求法律帮助：

   • 如果公务员认为单位的处理决定不公正或存在违法行为，可以寻求法律帮助。作为专业律师，我可以为你提供法律咨询和代理服务，帮助你维护自己的合法权益。

3. 关注档案安全：

   • 公务员应时刻关注自己的档案安全，确保档案材料的完整性和真实性。如果发现档案被篡改或丢失等情况，应及时向单位报告并采取措施进行补救。

总结来说，已工作两年的公务员发现档案有问题并不一定会被开除，这取决于档案问题的性质、严重程度以及单位的具体处理方式。如果你或你身边的人遇到类似问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议和帮助。