入职后档案查出问题是否会被辞退，需分情况讨论，不能一概而论。以下从不同角度为你详细分析：

一、档案问题性质是关键

1. 一般性瑕疵：如果档案中的问题属于一般性瑕疵，如信息填写不完整、部分材料缺失但不影响整体真实性等，且员工能够积极配合补正或说明情况，通常不会直接导致被辞退。因为这类问题一般不构成严重违反公司规章制度或劳动合同约定的情形。

2. 严重问题：如果档案中存在严重问题，如伪造学历、工作经历、资格证书等，或者涉及违法犯罪记录等，且这些问题是公司录用员工时明确要求的条件或禁止的情形，那么公司可能会依据相关法律法规和公司规章制度，以员工存在欺诈行为或不符合录用条件为由，解除劳动合同。

二、公司规章制度和劳动合同约定

1. 规章制度：公司通常会制定一系列规章制度来规范员工的行为和管理流程。如果公司的规章制度中明确规定了档案问题的处理方式和后果，且该规章制度已经向员工公示或告知，那么公司可能会依据这些规定来处理档案问题。

2. 劳动合同：劳动合同是员工和公司之间约定权利和义务的法律文件。如果劳动合同中明确约定了档案问题的处理方式和后果，那么双方应当按照劳动合同的约定来履行。

三、法律法规依据

1. 《劳动合同法》相关规定：根据《劳动合同法》的规定，公司解除劳动合同需要有合法的理由和程序。如果公司以档案问题为由解除劳动合同，需要确保该理由符合法律法规的规定，并且已经履行了相应的程序，如提前通知、听取员工意见等。

2. 其他相关法律法规：除了《劳动合同法》外，还有其他相关法律法规可能涉及档案问题，如《档案法》等。这些法律法规可能对档案的保管、使用、销毁等方面有具体规定，公司需要遵守这些规定来处理档案问题。

四、建议与应对措施

1. 积极沟通：如果入职后发现档案存在问题，建议员工首先与公司人力资源部门或相关负责人进行积极沟通，说明情况并寻求解决方案。

2. 配合补正：如果档案中的问题可以通过补正材料或说明情况来解决，员工应当积极配合公司完成相关手续。

3. 寻求法律帮助：如果公司以档案问题为由解除劳动合同，且员工认为该决定不合法或不合理，可以寻求法律帮助来维护自己的合法权益。

总结来说，入职后档案查出问题是否会被辞退取决于问题的性质、公司规章制度和劳动合同的约定以及法律法规的规定。如果遇到此类问题，建议员工保持冷静并积极与公司沟通，同时咨询专业律师以获取更具体的法律建议。如果你还有其他关于劳动工伤或劳动仲裁方面的问题，可以直接向我咨询。