若劳务合同中明确约定了12小时工作制且该约定违反了法律法规的强制性规定（如每日工作时间超过8小时、平均每周工作时间超过44小时，且未依法安排补休或支付加班费），劳动者有权要求用人单位承担相应的法律责任，赔偿方式主要依据实际损失及法律规定来确定。具体分析如下：

1. 加班费支付：

   • 根据《劳动法》及相关规定，劳动者每日工作时间不超过8小时，平均每周工作时间不超过44小时。若用人单位安排劳动者每日工作12小时，则超出部分应视为加班。
   • 加班费的支付标准通常为：工作日加班支付不低于工资的150%的工资报酬；休息日加班且不能安排补休的，支付不低于工资的200%的工资报酬；法定休假日加班的，支付不低于工资的300%的工资报酬。
   • 若用人单位未依法支付加班费，劳动者有权要求用人单位补发，并可能要求支付相应的经济补偿。

2. 健康损害赔偿：

   • 长时间工作可能导致劳动者身体疲劳、健康受损。若劳动者能证明其健康损害与长时间工作有直接因果关系，有权要求用人单位承担相应的医疗费用、误工费等赔偿责任。
   • 在极端情况下，如因长时间工作导致严重职业病或工伤，劳动者还有权要求用人单位按照工伤保险的相关规定进行赔偿。

3. 合同无效或部分无效的后果：

   • 若劳务合同中的12小时工作制条款违反了法律法规的强制性规定，该条款可能被认定为无效。
   • 合同无效或部分无效后，用人单位可能因未按照法律规定与劳动者订立合同而需承担双倍工资等法律责任（此情况主要适用于劳动合同，但劳务合同中若存在类似违法情形，也可能引发类似法律后果，具体需根据合同性质及法律规定判断）。不过，在劳务合同中，更常见的是要求用人单位纠正违法行为并赔偿因此造成的损失。

4. 行政处罚与民事赔偿的竞合：

   • 用人单位若因违反工作时间规定而受到劳动行政部门的处罚，这并不影响劳动者同时要求用人单位承担民事赔偿责任。
   • 劳动者可以根据自身情况选择要求用人单位承担行政责任、民事责任或两者并罚。

行动建议：

• 收集证据：保留好劳务合同、工作记录、加班通知、工资条等证据，以证明用人单位存在违法行为及自身损失情况。
• 协商解决：尝试与用人单位协商，要求其纠正违法行为并赔偿损失。
• 投诉举报：向当地劳动行政部门投诉举报用人单位的违法行为。
• 提起诉讼：若协商无果且投诉举报未得到有效处理，可以考虑向法院提起诉讼，要求用人单位承担法律责任。

在处理此类问题时，建议劳动者根据自身情况选择合适的维权途径，并咨询专业律师以获取更具体的法律建议。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。