结论：事业单位在编且拥有40年工龄的职工，在患病瘫痪的医疗期内，其工资通常是不应被扣除的，但具体还需依据相关法律法规及单位的具体规定来确定。

分析说明：

1. 医疗期的定义与待遇：

   • 医疗期是指企业职工因患病或非因工负伤停止工作治病休息不得解除劳动合同的时限。在这个期间内，职工享有相应的医疗待遇和工资待遇。
   • 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》等相关法律法规，职工在医疗期内，单位应支付其病假工资或疾病救济费，且不得低于当地最低工资标准的80%（具体比例可能因地区而异）。对于事业单位在编职工，虽然具体规定可能有所不同，但原则上应保障其医疗期内的基本生活需求。

2. 事业单位在编职工的特殊性：

   • 事业单位在编职工通常享有较为稳定的职业保障和福利待遇。在患病瘫痪等特殊情况下，其医疗期内的工资待遇更应得到妥善保障。
   • 事业单位在编职工的工资构成和发放方式可能因单位性质、地区差异等因素而有所不同。但无论如何，单位都应遵守国家法律法规，保障职工在医疗期内的合法权益。

3. 具体案例与实际操作：

   • 在实际操作中，事业单位在编职工患病瘫痪后，其医疗期内的工资待遇通常由单位根据相关法律法规和内部规定来确定。如果单位有明确的规章制度规定医疗期内工资不扣或按一定比例发放，那么应按照这些规定执行。
   • 如果单位没有明确规定或规定与法律法规相冲突，那么职工有权要求单位按照法律法规的规定支付其医疗期内的工资待遇。

法律建议：

• 了解单位规定：首先，建议您了解所在单位关于医疗期内工资待遇的具体规定。如果单位有明确的规章制度，且这些规定不违反国家法律法规，那么应按照这些规定执行。
• 咨询相关部门：如果单位没有明确规定或您对单位的规定有疑问，建议您咨询单位的人事部门或当地劳动保障部门，以获取更准确的解答和指导。
• 维护合法权益：如果单位违反国家法律法规或内部规定，拒绝支付您医疗期内的工资待遇，您有权向劳动争议仲裁委员会申请仲裁或向人民法院提起诉讼，以维护自己的合法权益。

后续行动建议：

• 在处理此类问题时，建议您保留好相关证据，如医疗证明、工资单、单位规章制度等，以便在需要时提供证明。
• 如果您对法律法规或单位规定有疑问，或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我将根据您的具体情况，为您提供专业的法律意见和帮助。