结论：事业编制的教师因大病治疗三个多月，按法律规定一般不能扣工资，但具体还需根据当地的相关政策以及教师的实际情况来确定。以下从多个角度进行分析：
法律规定角度
基本工资保障：
- 根据《中华人民共和国教师法》以及相关的劳动法律法规，教师作为劳动者，其基本工资是受到法律保护的。在因病治疗期间，教师的基本工资原则上不应被扣除。
病假工资规定：
- 病假期间，教师的工资支付通常遵循病假工资的规定。一般来说，病假工资会按照教师的基本工资的一定比例来支付，而不是全额扣除。这个比例可能因地区和具体政策而异，但通常不会低于当地最低工资标准的80%。
地方政策角度
- 地方具体政策：
- 不同地区可能会根据当地的实际情况，制定更为具体的病假工资支付政策。因此，事业编制的教师因大病治疗期间的工资支付问题，还需要参考当地的具体政策规定。
- 例如，有些地区可能规定，在教师因病治疗期间，除了支付基本工资的一定比例作为病假工资外，还可能提供额外的医疗补助或福利。
实际情况角度
治疗期限与工资支付：
- 教师因大病治疗三个多月，这个期限相对较长。但无论治疗期限多长，只要教师符合病假条件，其工资支付就应遵循上述的法律规定和地方政策。
- 如果教师因病无法继续工作，且符合退休或病退条件，还可能涉及退休金或病退金的支付问题，但这与工资支付是两个不同的概念。
单位内部规定：
- 除了法律规定和地方政策外，教师所在单位（如学校或教育局）也可能有内部的工资支付规定。这些规定通常会在不违反法律法规的前提下，对教师的工资支付进行更为具体的安排。
- 因此，教师在因病治疗期间，还应了解并遵守所在单位的内部规定。
建议与行动
了解当地政策：
- 教师首先应了解当地关于病假工资支付的具体政策规定，以便明确自己的权益和待遇。
与单位沟通：
- 教师还应与所在单位进行沟通，了解单位内部的工资支付规定，并确认自己的工资支付情况是否符合这些规定。
寻求法律援助：
- 如果教师在工资支付问题上遇到争议或困难，可以寻求法律援助或咨询专业律师（如我），以维护自己的合法权益。
总结：事业编制的教师因大病治疗三个多月，其工资支付问题应遵循法律规定、地方政策以及单位内部规定。在一般情况下，教师的基本工资不应被扣除，而是应按照一定比例支付病假工资。如有任何疑问或争议，建议教师及时与所在单位沟通并寻求法律援助。