结论前置：机关事业单位员工不连续休病假超过两个月，并不意味着单位一定不能扣工资，这主要取决于具体的法律法规、单位规章制度以及病假的具体情况。以下是对此问题的详细分析：

1. 法律法规依据：

   • 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》以及各地相应的实施细则，员工在医疗期内享有病假工资或疾病救济费，其标准通常不低于当地最低工资标准的80%。但这一规定主要针对企业职工，对于机关事业单位员工，虽然具体规定可能有所不同，但基本原则相似，即员工在病假期间应享有一定的工资保障。
   • 然而，机关事业单位的工资管理往往还受到《公务员法》、《事业单位人事管理条例》等法律法规的约束，这些法规可能对病假期间的工资支付有更具体的规定。

2. 单位规章制度：

   • 机关事业单位通常会制定自己的规章制度，包括病假管理制度。这些制度可能规定了病假的申请流程、病假期间的工资支付标准等。
   • 如果单位规章制度中明确规定了病假超过一定天数（如两个月）后工资支付的标准或方式，那么员工在休病假时就需要遵守这些规定。

3. 病假具体情况：

   • 病假的长短、病因的严重程度以及员工的工作表现等因素，都可能影响单位对病假期间工资支付的决定。
   • 如果员工因病需要长期休养，且病情严重，单位可能会根据实际情况给予一定的工资保障或调整工资支付标准。
   • 相反，如果员工病假期间存在滥用病假、虚假申报等情况，单位则有权根据规章制度扣除相应工资或采取其他管理措施。

4. 实际操作建议：

   • 对于机关事业单位员工来说，在休病假前最好先了解单位的规章制度和病假管理制度，明确病假期间的工资支付标准。
   • 如果对单位的工资支付决定有异议，可以与单位人事部门或工会进行沟通协商，寻求合理的解决方案。
   • 如果协商无果，员工还可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

进一步思考：机关事业单位的工资管理涉及多个方面，包括法律法规、单位规章制度以及员工个人情况等。因此，在处理病假期间的工资问题时，需要综合考虑各种因素，确保既符合法律法规的要求，又体现单位的人文关怀和员工的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。