事业单位职工请病假超过六个月，其工资是否会被扣除以及如何扣除，主要依据工作年限和具体政策规定来确定。以下是对此问题的详细解析：
一、工资待遇方面
基本工资：
- 工作年限不满10年的：从第七个月起，通常发放本人基本工资的70%。但需注意，部分地区或单位可能有特殊规定，如发放60%或根据具体情况调整，因此应参照当地最新政策或咨询相关部门以确定准确比例。
- 工作年限满10年但不满20年的：从第七个月起，发放本人基本工资的80%。
- 工作年限满20年及以上的：从第七个月起，发放本人基本工资的90%。
- 特殊情况：对于享受省部级及以上劳动模范待遇的人员，病假在6个月以内的，原工资照发；超过6个月的，从第7个月起，其病假期间工资可在相应工作年限计发病假工资基础上提高10%~15%，但不得超过本人原工资数额。
绩效工资：
- 绩效工资通常与工作任务完成情况挂钩，病假期间可能无法全额发放，具体由单位绩效工资分配方案确定。
津贴补贴：
- 全年病假累计6个月之内的，津贴补贴照发。
- 达到6个月的，从病假的第7个月起，可能只发给生活性补贴和保留物价福利补贴，工作性津贴、岗位津贴和奖励性补贴等不再发放（改革性补贴根据相关文件规定发放）。
二、最低工资保障
- 根据《劳动法》规定，职工在法定医疗期内享受的病假工资或疾病救济费，不得低于当地最低工资标准的80%。这意味着，即使按照工作年限计算的病假工资低于这一标准，单位也应按照最低工资标准的80%发放。
三、特殊情况与地方政策
- 特殊情况：如1945年9月2日以前参加革命工作的人员，病假期间工资可能按更高比例计发。
- 地方政策：各地区可能结合本地实际情况，对病假工资标准进行细微调整。例如，教育、卫生等特定类型的事业单位可能有专门规定。因此，在具体操作中，应优先参考当地的人力资源和社会保障部门发布的政策。
四、实际操作建议
- 了解单位规定：首先，应了解所在单位的具体规定，因为不同单位可能在执行国家政策时有所差异。
- 咨询相关部门：如有疑问，可向单位人事部门或当地的人力资源和社会保障部门咨询，以获取最准确的信息。
- 保留相关证据：在请病假期间，应保留好医院诊断证明和相关科室诊疗记录等证据，以备不时之需。
总结来说，事业单位职工请病假超过六个月时，其工资待遇主要依据工作年限来确定，但具体比例可能因地区政策和单位规定而有所不同。同时，应确保病假工资不低于当地最低工资标准的80%。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。