事业单位职工请三个月病假，其工资是否扣发需根据具体情况及国家相关法律法规来确定。以下是对此问题的全面分析：

一、病假工资的基本规定

1. 病假在两个月以内：

   • 根据《国家机关工作人员病假期间生活待遇的规定》及相关政策，事业单位职工病假在两个月以内的，原工资照发，不扣基本工资。但需注意，单位可能根据内部规定扣发部分或全部的津贴、补贴和奖金。

2. 病假超过两个月不足六个月：

   • 从第三个月起，工作年限10年及以下的，发给本人基本工资的90%；工作年限11年及以上的，原工资照发（即100%）。同样，津贴、补贴和奖金可能根据出勤情况被扣发。

3. 病假超过六个月：

   • 从第七个月起，工作年限10年及以下的，发给本人基本工资的70%；工作年限11年至20年的，发给本人基本工资的80%；工作年限20年以上的，发给本人基本工资的90%。在长期病假期间，单位通常会停发各类津贴、补贴和奖金。

二、特殊情况下的病假工资

• 某些事业单位可能因其性质、行业特点或与职工签订的具体合同协议，对病假工资的发放有特别约定。这些约定可能更为严格，例如，可能规定病假超过一定天数后，除了基本工资外，其他所有福利和奖金均停发。因此，具体扣发情况需查看合同条款或单位内部规章制度。

三、病假工资的计算示例

假设某事业单位职工的基本工资为每月5000元，工作年限为8年，请病假三个月：

• 前两个月：工资全额发放，即每月5000元。
• 第三个月：由于工作年限不满10年，从第三个月起工资按本人标准工资的90%计发，即5000元 * 90% = 4500元。

若该职工工作年限为12年，则：

• 前两个月：工资全额发放，即每月5000元。
• 第三个月及以后（在六个月以内）：工资照发，即每月5000元。

四、请病假的注意事项

1. 提供医疗证明：职工在请病假前，应出示医院的疾病证明，以证明其确实因病需要请假。无故请病假者，用人单位有权驳回申请。

2. 遵循请假程序：员工应按照单位的请假程序进行请假，并提供相应的医疗证明等材料。单位也应根据相关规定和员工的实际情况，合理处理病假工资问题。

3. 咨询与反映：如果员工对病假工资的扣除有异议，可以向单位的人事部门或相关管理部门咨询和反映，以维护自己的合法权益。

五、结论与建议

综上所述，事业单位职工请三个月病假期间的工资扣发问题需根据具体情况及国家相关法律法规来确定。单位应按照规定支付病假工资或疾病救济费，且不得低于当地最低工资标准的80%。同时，职工也应注意遵守请假程序，提供必要的医疗证明，并在有异议时及时咨询和反映。

如果您对病假工资的扣除有进一步的疑问或需要具体的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。