职工请病假并不一定会在第三个月才开始扣工资，具体是否扣工资以及扣多少，需结合劳动法规定、劳动合同约定以及用人单位的规章制度来综合判断。以下从不同角度为你详细分析：
一、法律规定层面
根据《劳动部关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》第五十九条，职工患病或非因工负伤治疗期间，在规定的医疗期间内，企业应按有关规定支付其病假工资或疾病救济费。病假工资或疾病救济费可以低于当地最低工资标准支付，但不能低于最低工资标准的80%。这意味着，在医疗期内，职工是有权获得一定比例的工资支付的，并非从第三个月才开始扣工资。
二、医疗期时长与病假工资
医疗期内：
- 医疗期的具体时长根据职工的实际工作年限和在本单位工作年限来确定。例如，实际工作年限十年以下的，本单位工作年限五年以下的为三个月；五年以上的为六个月等。在医疗期内，用人单位需按法律规定支付病假工资或疾病救济费。
超过医疗期：
- 若员工不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作，用人单位在提前通知或额外支付一个月工资后，可以解除劳动合同，并按规定支付经济补偿。
- 若用人单位同意员工继续休病假，工资支付通常由双方协商确定，可能按照病假工资支付标准继续发放，也可能有其他约定。但无论如何，都不能低于最低工资标准的80%。
三、用人单位政策与实际操作
劳动合同约定：
- 若劳动合同中对病假期间工资发放有明确约定，且该约定不违法，那么应按合同约定来支付病假工资。这意味着，如果合同中规定了更优厚的病假工资待遇，职工是有权享受的。
用人单位规章制度：
- 用人单位在不违反法律法规强制性规定的前提下，可制定并公示本单位的病假工资支付办法。例如，根据职工的工作年限、病假时长等因素，合理确定病假工资的支付比例。但同样，这些规定都不能低于最低工资标准的80%。
实际操作中的考虑因素：
- 除了法律规定和单位政策外，实际操作中还需考虑职工的工作年限、病假时长、病情严重程度等因素，以确定具体的病假工资支付标准。例如，对于长期病假的职工，用人单位可能会根据其病情和恢复情况，适当调整病假工资的支付比例。
四、职工权益保障
如果职工对病假工资的支付有异议，可通过以下途径维护自身权益：
- 与用人单位协商解决；
- 申请劳动仲裁；
- 提起诉讼等合法途径。
总结来说，职工请病假并不一定会在第三个月才开始扣工资。具体是否扣工资以及扣多少，需结合劳动法规定、劳动合同约定以及用人单位的规章制度来综合判断。职工在请假前应了解相关政策和规定，以便在需要时能够正确维护自己的合法权益。如果你对病假工资的支付有进一步的疑问或需要具体的法律帮助，可以直接向我咨询。