病假3个月工资扣除方式需根据具体情况确定，主要取决于单位规章制度、劳动合同约定以及当地劳动法规，以下是详细分析：

1. 医疗期内的工资支付
   根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，医疗期长度与员工工龄和单位工作年限相关（例如：实际工作10年以下、在本单位工作5年以下的为3个月医疗期）。在法定医疗期内，单位需按以下标准支付病假工资：
   

• 最低标准：不得低于当地最低工资标准的80%（如北京最低工资2420元/月，则病假工资至少1936元/月）；
  
• 约定优先：若劳动合同或单位规章制度中约定的病假工资高于最低标准，则按约定执行（例如约定按工龄分档支付90%-100%工资）。
  

关键点：医疗期内单位不得解除劳动合同，且工资支付需符合上述最低标准。

1. 医疗期外的工资处理
   若3个月病假超出法定医疗期，单位可依法解除劳动合同，但需支付经济补偿金（按工作年限，每满1年支付1个月工资）。若单位选择继续留用员工，工资支付方式需双方协商，但不得低于当地最低工资标准。
   

风险提示：若单位未支付医疗期工资或违法解除合同，员工可申请劳动仲裁要求补发工资、支付赔偿金（2倍经济补偿金）。

1. 单位规章制度的影响
   若单位规章制度（如《员工手册》）中规定了更严格的病假工资计算方式（例如按请假天数阶梯扣减），需满足以下条件才有效：
   

• 规章制度经民主程序制定（如职工代表大会讨论）；
  
• 已向员工公示或送达（如签字确认、邮件通知）；
  
• 内容不违反法律强制性规定（如不得低于最低工资80%）。
  

建议：员工可要求单位出示规章制度依据，若单位无法提供或制度违法，则按法定标准执行。

1. 特殊情形：工伤或职业病
   若病假因工伤或职业病引起，工资支付标准更高：
   

• 停工留薪期内（一般不超过12个月），原工资福利待遇不变；
  
• 停工留薪期满后需继续治疗的，按病假工资标准支付。
  

行动建议：

• 员工：保留病历、请假单等证据，核对单位工资计算方式是否合法；
  
• 单位：完善病假管理制度，确保符合劳动法规，避免纠纷。
  

如有具体案例或地方政策疑问，可进一步向我咨询。