教师因病请假超过两天扣工资是否合法，需根据具体情况判断。以下是从不同角度进行的详细分析：
一、法律法规基础
《中华人民共和国劳动法》第三条：
- 劳动者享有休息休假的权利，包括病假，并享有取得劳动报酬的权利。这意味着，在病假期间，教师有权获得相应的工资报酬。
《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》第59条：
- 职工患病或非因工负伤治疗期间，企业需按有关规定支付病假工资或疾病救济费，且不得低于当地最低工资标准的80%。尽管教师所在单位多为事业单位，但在病假工资支付方面可参照此原则执行。
病假期间工资发放的具体规定：
- 若病假在两个月以内，原工资照发，不扣减。
- 病假超过两个月，工作年限不满十年的，发放原工资的九成；满十年的，原工资照发。这一规定同样适用于教师群体，但具体执行可能因地区和学校而异。
二、实际情况分析
合规病假且提供有效证明：
- 如果教师因病请假，且能提供正规医院的诊断证明、病假条等相关材料，同时遵循了学校的请假流程，那么通常学校不会扣发全额工资。即使请假时间超过两天，只要符合上述条件，工资发放应不受影响。
无法提供有效证明或违反请假流程：
- 如果教师无法提供医院的相关证明材料，或未按照学校规定的请假流程办理手续，学校可能会视为旷工或不符合病假规定的请假，并据此扣除相应工资。这种情况下，扣工资可能是合法的，但具体扣减幅度和方式需遵循学校规章制度和当地法律法规。
病假超过规定天数：
- 如果教师请病假时间超出当地规定的病假期限（如两个月），学校可能根据相关规定适当扣减工资。但扣减标准通常有明确的规定和上限，如连续病假超过一定时长，从第三个月起会按一定比例扣发部分工资。这种情况下，扣工资也是合法的，但需确保扣减幅度和方式符合法律法规和学校规章制度。
三、维权途径与建议
了解学校规章制度：
- 教师在请病假前，应了解并熟悉所在学校的具体规章制度，包括病假工资的发放标准、请假流程等。这有助于教师更好地维护自己的权益，避免不必要的纠纷。
提供有效证明并遵循请假流程：
- 在请病假时，教师应确保提供所有必要的医疗证明，并遵循学校的请假流程。这有助于确保病假的合规性，从而保障工资的正常发放。
沟通与协商：
- 如果教师认为学校扣发工资的行为不合法或不合理，应先与学校沟通，了解扣工资的原因和依据。在沟通过程中，教师可以提供相应证据证明自己病假的合理性，并尝试与学校协商解决纠纷。
寻求法律援助：
- 如果沟通无果，教师可以向当地教育主管部门反映情况，寻求协调解决。必要时，教师还可以通过人事争议仲裁等法律途径来维护自己的合法权益。
总结来说，教师因病请假超过两天扣工资是否合法，需根据病假的具体情况、学校的规章制度以及相关法律法规的规定来判断。在合规且提供有效证明的情况下，通常不会扣发全额工资。但具体处理方式可能因学校和地区而异，因此教师应事先了解并熟悉所在学校的具体规章制度和当地法律法规，以便在必要时采取适当的维权措施。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。