教师请两个月病假，学校扣工资是否合法，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下是从不同角度进行的详细分析：
一、法律规定层面
基本法律依据：
- 根据《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》第59条，职工患病或非因工负伤治疗期间，企业应按有关规定支付其病假工资或疾病救济费，且不得低于最低工资标准的80%。这一规定同样适用于教师群体，为教师病假期间的工资待遇提供了基本保障。
病假工资发放标准：
- 病假工资的发放标准通常与病假时长和工作年限有关。对于短期病假（如2个月以内），工作年限不满10年的教师，病假工资一般按本人工资的70%计发；满10年的，则按80%计发。但部分地区或学校可能实行全额计发，具体需参照当地政策。
- 重要的是，无论何种情况，病假工资均不得低于当地最低工资标准的80%。这是法律对职工病假期间工资待遇的最低保障。
二、学校制度层面
学校规定的重要性：
- 学校作为用人单位，会根据自身实际情况制定绩效工资分配方案，并明确规定教师请病假时绩效工资的扣发办法。这些规定是处理此类问题的重要依据。
规定的合法性与合理性：
- 学校制定的绩效工资方案必须遵循相关法律法规和政策要求，如不得低于最低工资标准的80%等。同时，方案应通过民主程序如教职工代表大会讨论通过，确保合法性和合理性。
- 如果学校规定显失公平或违反法律规定，教师有权依法维护自己的权益。例如，若学校规定病假期间绩效工资全扣，而该规定违反了法律法规或政策要求，则该规定无效。
合同约定的作用：
- 劳动合同中关于病假期间绩效工资的规定同样具有法律效力。如果合同中明确了扣发办法，且该办法合法合理，单位可按规定执行；若无相关规定或扣发不合理，教师有权提出异议并寻求协商解决。
三、实际操作建议
了解政策与规定：
- 教师在请病假前，应详细了解所在地区和学校的具体病假工资政策以及劳动合同中的相关约定，以确保自身权益得到保障。
办理请假手续：
- 严格按照学校的请假流程办理相关手续，提供必要的医疗证明等材料。这有助于避免因程序问题导致的工资扣除争议。
沟通协商与维权：
- 如果病假工资计算方式或标准与规定不符，教师应及时与所在学校或单位的人力资源部门进行沟通协商，寻求合理的解决方案。
- 若协商无果，教师可向当地教育主管部门反映情况，请求其对学校的行为进行调查和处理。
- 在必要时，教师还可根据具体情况选择申请劳动人事争议仲裁或向人民法院提起诉讼来维护自己的合法权益。
总结来说，教师请两个月病假期间工资的扣发需综合考虑法律规定、学校制度及劳动合同约定。学校应制定合法合理的规章制度，确保教师的合法权益得到保障；教师也应了解自己的权益和维权途径，在确保合法合理的前提下维护自己的利益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。