事业单位在编残疾职工，单位一般不能随意扣除其年终奖金，但需视具体情况而定。以下从不同角度进行分析：
法律法规层面
平等就业与反歧视原则：
- 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国残疾人保障法》，残疾人享有平等就业的权利，用人单位不得因残疾而歧视职工，包括在薪酬、福利等方面。年终奖金作为职工薪酬的一部分，原则上不应因残疾而被扣除。
劳动合同与规章制度：
- 事业单位与在编职工之间的劳动关系受《中华人民共和国劳动合同法》调整。若劳动合同或单位规章制度中明确规定了年终奖金的发放条件、标准及方式，且这些规定不违反法律法规的强制性规定，则单位应按照约定发放。
- 若单位试图以残疾为由扣除年终奖金，且该行为未在劳动合同或规章制度中明确，则可能构成违法。
实际情况与特殊考虑
残疾职工的工作表现：
- 年终奖金的发放通常与职工的工作表现、业绩等挂钩。若残疾职工因身体原因无法完成正常工作任务，且该情况已影响其工作表现及业绩，单位在依据合法、合理的绩效考核制度下，可能对其年终奖金进行适当调整。但这种调整应基于客观、公正的标准，而非单纯因残疾。
单位的经济状况与特殊政策：
- 在极端情况下，如单位面临严重经济困难或执行特殊政策（如政府要求的节能减排、成本控制等），可能需要对全体职工的薪酬进行调整，包括年终奖金。但这种情况下，调整应遵循公平、透明的原则，且对残疾职工的调整不应超出合理范围。
法律建议与后果
法律建议：
- 若单位无正当理由扣除残疾职工的年终奖金，残疾职工有权向单位提出异议，并要求单位按照劳动合同或规章制度的规定发放。
- 若单位拒绝改正，残疾职工可以向当地劳动监察部门投诉，或依法申请劳动仲裁、提起诉讼，以维护自己的合法权益。
可能的法律后果：
- 若单位被认定违法扣除残疾职工的年终奖金，可能面临劳动监察部门的处罚，包括责令改正、罚款等。
- 同时，单位还可能因违法解除劳动合同或未按时足额支付劳动报酬等行为，承担向残疾职工支付经济补偿金、赔偿金等法律责任。
总结来看，事业单位在编残疾职工的年终奖金不应因残疾而被随意扣除。单位在发放年终奖金时，应遵循法律法规、劳动合同及规章制度的规定，确保公平、公正、透明。若存在争议或疑问，建议残疾职工及时咨询专业律师或相关机构，以维护自己的合法权益。