结论：公司对于“三班两倒”工作制下最后放假上的夜班不算考勤的做法，是否违法需分情况讨论，不能一概而论。
分析：
考勤制度与劳动合同、公司规章制度的关系：
- 考勤制度通常是公司规章制度的一部分，它规定了员工的工作时间、出勤要求以及相应的奖惩措施。
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。
- 这意味着，如果公司要将夜班不算入考勤的制度写入公司规章制度，必须经过上述民主程序，并且该制度不得违反法律法规的强制性规定。
“三班两倒”工作制下的考勤特殊性：
- “三班两倒”是一种特殊的工作制度，它通常意味着员工需要在不同的时间段（如早班、晚班、夜班）进行轮换工作。
- 在这种工作制度下，如果公司最后放假且该放假日原本应安排夜班，那么将夜班不算入考勤可能涉及对员工休息权的保障问题。如果放假是因为公司原因（如设备检修、订单减少等），而非员工个人原因，那么公司通常应支付员工相应的工资或安排补休。
具体违法性的判断：
- 如果公司未经民主程序制定或修改考勤制度，且该制度直接导致员工在“三班两倒”工作制下最后放假的夜班不被计入考勤，从而影响了员工的工资收入或休息权益，那么这种做法可能是违法的。
- 另外，如果公司的考勤制度违反了法律法规的强制性规定（如最低工资标准、加班费支付等），那么无论是否经过民主程序，该制度都是违法的。
建议：
对于员工：
- 首先，查看自己的劳动合同和公司规章制度，了解考勤制度的具体内容。
- 如果认为公司的考勤制度违法或侵犯了自己的权益，可以与公司进行协商，要求公司改正。
- 如果协商无果，可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
对于公司：
- 确保考勤制度的制定和修改经过民主程序，并符合法律法规的强制性规定。
- 在“三班两倒”工作制下，合理安排员工的休息和工作时间，确保员工的合法权益不受侵犯。
- 如果因为特殊原因需要调整考勤制度，应及时与员工沟通并取得员工的同意。
后续行动：
如果您或您的同事遇到了类似的问题，且不确定公司的做法是否违法，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。