结论：针对您身体有病提出辞工申请但未获批准，反而被以旷工为由扣除1000元的情况，您可以通过以下途径来维护自己的合法权益。
一、法律分析
关于辞职申请：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者有权提前通知用人单位解除劳动合同。若您因身体原因需要辞职，应提前向用人单位提交书面辞职申请，并说明辞职原因。
- 用人单位在收到辞职申请后，应在合理期限内给予答复。若用人单位未予答复或拒绝批准，且您已按照规定提前通知，则您有权在通知期满后离职。
关于旷工与扣款：
- 旷工通常指劳动者无正当理由未到岗工作。若您已提交辞职申请并等待答复期间，因身体原因无法到岗，且已及时通知用人单位，则不应被视为旷工。
- 用人单位以旷工为由扣除您1000元，若该行为缺乏合法依据或违反劳动合同约定，则属于违法行为。
二、维权途径
与用人单位协商：
- 首先，您可以尝试与用人单位进行沟通，说明您的身体状况和辞职原因，以及用人单位扣款行为的不合理性。
- 协商过程中，您可以要求用人单位出具书面说明，解释扣款的具体原因和依据。
向劳动监察部门投诉：
- 若协商无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉，要求其依法调查并处理用人单位的违法行为。
- 投诉时，您应提供相关证据，如辞职申请、医疗证明、工资单等，以证明用人单位扣款行为的不合理性。
申请劳动仲裁：
- 若劳动监察部门未能解决问题，您可以向当地劳动仲裁委员会申请劳动仲裁。
- 仲裁过程中，您需要提交仲裁申请书和相关证据，仲裁委员会将依法进行裁决，要求用人单位返还被扣除的款项，并可能赔偿因此给您造成的损失。
提起诉讼：
- 若劳动仲裁未能满足您的诉求，您还可以依法向人民法院提起诉讼，进一步维护自己的合法权益。
三、注意事项
- 在整个维权过程中，您应保留好所有相关证据，如辞职申请、医疗证明、工资单、与用人单位的沟通记录等。
- 若您对法律程序不熟悉或担心自己的权益无法得到充分保障，可以寻求专业律师的帮助，以确保维权过程的顺利进行。
四、可能后果
- 若用人单位的扣款行为被认定为违法，其可能需要返还被扣除的款项，并可能面临劳动行政部门的处罚。
- 若因用人单位的违法行为给您造成损失，如工资损失、精神损害等，您还有权要求用人单位进行赔偿。
建议：鉴于您目前的情况，我建议您首先与用人单位进行协商，尝试通过沟通解决问题。若协商无果，再考虑向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。在整个过程中，务必保留好相关证据，并寻求专业律师的帮助以确保自己的权益得到充分保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。