关于劳动仲裁处理两年以上加班费是否合法的问题，结论如下：

1. 劳动关系存续期间：合法且不受时效限制。只要劳动关系仍然存续，无论加班费拖欠了多久（包括两年以上），劳动者都有权随时向劳动仲裁委员会提出仲裁申请来追讨加班费。这是因为，根据《劳动争议调解仲裁法》及相关规定，劳动者因拖欠劳动报酬（包括加班费）与用人单位发生争议的，申请仲裁不受一年仲裁时效期间的限制。

2. 劳动关系终止后：需在一年内提出仲裁申请，否则可能丧失权利。如果劳动关系已经终止，劳动者应在终止之日起一年内提出仲裁申请来追讨加班费。超过这一时效，劳动者将丧失通过仲裁途径追讨加班费的权利。但请注意，如果劳动者选择通过诉讼途径来追讨加班费，需要遵循三年的诉讼时效规定，即从劳动者知道或者应当知道其权利被侵害之日起三年内，可以向人民法院提起诉讼。不过，这一三年的诉讼时效并不适用于仲裁程序，且在实际操作中，由于仲裁是诉讼的前置程序，因此劳动者更应重视仲裁时效。

详细分析与建议：

• 举证责任：在追讨加班费的过程中，劳动者需要承担相应的举证责任，证明存在加班事实以及加班时长等关键要素。因此，我建议你尽可能保留好加班的相关证据，如考勤记录、加班通知、工资单等，以支持自己的主张。

• 实际操作建议：

  • 如果劳动关系尚未终止，你应及时向用人单位提出支付加班费的请求，并保留好相关沟通记录作为证据。
  • 如果劳动关系已经终止，你应在终止之日起一年内尽快向劳动仲裁委员会提出仲裁申请，并确保提供的证据充分、有效。

法律后果提示：

• 如果未能在规定时效内提出仲裁申请，你可能将丧失通过仲裁途径追讨加班费的权利。即使后续选择诉讼途径，也可能因超过诉讼时效而面临败诉的风险。

• 如果用人单位存在恶意拖欠加班费的行为，你还可以考虑向劳动监察部门投诉，以维护自己的合法权益。

总结与进一步行动：

综上所述，劳动仲裁处理两年以上加班费是否合法，取决于劳动关系的存续状态。在劳动关系存续期间，你可以随时追讨；在劳动关系终止后，你需要在一年内提出仲裁申请。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。