当员工就加班费问题对公司提起仲裁时，公司应当采取一系列积极且合规的措施来应对。以下是一个详细的处理流程：
一、积极应对仲裁通知
及时收集证据：
- 收到仲裁通知后，公司应立即着手收集与加班费相关的所有证据材料。
- 包括但不限于员工的考勤记录，用以证明员工实际的出勤时间和加班时长。
- 工资支付凭证，以表明已支付的工资中是否包含加班费用，以及加班费的计算方式和标准。
审视自身情况：
- 公司需要仔细审查自身的加班费支付情况，确认是否存在未足额支付加班费的问题。
- 如果确实存在此类问题，公司应考虑与员工进行协商和解，以达成双方都能接受的补偿方案。
二、协商和解与抗辩
协商和解：
- 通过友好协商，公司可以与员工就加班费问题达成一致，从而避免进一步的法律纠纷和不良影响。
- 协商过程中，公司应保持开放和诚实的态度，积极寻求双方都能接受的解决方案。
有力抗辩：
- 如果公司认为自身不存在支付加班费的义务，应在仲裁过程中清晰阐述理由。
- 例如，员工的加班并非公司安排，而是其自行延长工作时间；或者公司已经按照法律规定和合同约定支付了加班费等。
- 公司应依据相关法律法规及收集到的证据进行有力抗辩，以维护自身的合法权益。
三、遵循仲裁程序与规则
尊重仲裁程序：
- 在整个仲裁过程中，公司应严格遵循仲裁程序和规则，确保仲裁的公正性和合法性。
- 公司应按时参加仲裁庭审，按照要求提供证据和陈述意见。
接受仲裁结果：
- 仲裁结果出来后，公司应尊重并接受仲裁结果。
- 如果对仲裁结果不服，公司可以在规定期限内向人民法院提起诉讼，以寻求进一步的法律救济。
四、预防与规范管理
规范工时制度：
- 公司应建立规范的工时制度，明确加班的审批流程和加班费的计算标准。
- 通过制度化管理，减少因加班费问题引发的法律纠纷。
加强员工沟通：
- 公司应加强与员工的沟通，及时了解员工的加班情况和需求。
- 通过有效的沟通，可以增进双方的理解和信任，从而减少因加班费问题产生的矛盾。
综上所述，当员工就加班费问题对公司提起仲裁时，公司应积极应对、收集证据、审视自身情况、协商和解或有力抗辩、遵循仲裁程序与规则，并加强预防与规范管理。通过这些措施，公司可以有效地处理加班费仲裁问题，维护自身的合法权益和良好的劳动关系。