核心结论：要使工资12000元中合同签4500元、剩下7500元用另一种方法补齐具有法律效力，关键在于确保补齐部分的约定合法、明确且可证明。以下是具体分析和建议：

1. 合同条款的合法性与明确性
   首先，劳动合同中约定的工资条款必须符合《劳动合同法》的规定。若合同中仅写明4500元，但实际发放12000元，可能存在以下风险：

   • 税务风险：若补齐部分未通过合法途径（如奖金、津贴、报销等）体现，可能被认定为偷逃税款；
     
   • 纠纷风险：若未来发生劳动争议，用人单位可能主张仅按合同约定的4500元支付工资，劳动者需证明补齐部分的存在及性质。
     建议：在合同中明确约定工资构成，例如“基本工资4500元+绩效奖金7500元”，并附上绩效考核标准，确保补齐部分有合法依据。

2. 补齐部分的支付方式与证据留存
   若补齐部分无法直接写入合同（如用人单位出于税务筹划考虑），需通过其他合法方式支付，并保留证据：

   • 银行转账：通过公司账户或法定代表人账户定期转账，备注“工资补差”或“奖金”；
     
   • 书面协议：与用人单位签订补充协议，明确补齐部分的金额、支付方式及时间；
     
   • 考勤与绩效记录：若补齐部分与考勤、绩效挂钩，需保留相关记录作为辅助证据。
     关键点：避免使用现金支付，否则难以证明实际发放金额。

3. 税务合规性
   根据《个人所得税法》，工资薪金所得需按累计预扣法缴纳个税。若补齐部分未纳入个税申报，可能面临以下后果：

   • 劳动者：需补缴税款及滞纳金，甚至被罚款；
     
   • 用人单位：可能被认定为未足额支付工资，或协助偷逃税款。
     建议：确保补齐部分与合同约定部分一并申报个税，避免税务风险。

4. 劳动争议中的举证责任
   根据《劳动争议调解仲裁法》，劳动者主张工资差额的，需承担初步举证责任。若补齐部分无合法证据支持，可能败诉。
   建议：定期核对工资条，保留转账记录、补充协议等证据，必要时可申请公证。

总结：要使补齐部分具有法律效力，需从合同约定、支付方式、税务合规及证据留存四方面综合处理。若您已遇到类似问题，可进一步提供细节（如补齐部分的性质、支付方式等），我将为您制定具体方案。