结论前置：合同到期公司不续签时，赔偿的计算基数通常是按照实际工资来确定的，而非合同上签订的工资数额，但具体还需结合实际情况判断。以下为详细分析：

一、赔偿计算基数的一般原则

在劳动法律关系中，当劳动合同到期，公司决定不续签时，根据《劳动合同法》的相关规定，公司需要向员工支付经济补偿。经济补偿的计算基数，原则上应当是员工在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。这里的“平均工资”，指的是员工实际领取的工资，而非合同上签订的工资数额。因此，在大多数情况下，赔偿的计算基数应当是您实际领取的10000元工资，而非合同上签订的5000元。

二、特殊情况下的考虑

1. 合同工资与实际工资不一致且员工无异议的情况：

   • 如果合同上签订的工资与实际发放的工资长期不一致，且员工在劳动关系存续期间对此并无异议，那么在实际操作中，可能会以实际发放的工资作为赔偿的计算基数。但这种情况并非绝对，还需要结合其他证据和具体情况来判断。

2. 合同工资与实际工资不一致且公司能提供合理解释的情况：

   • 如果公司能够提供合理解释，说明合同工资与实际工资不一致的原因（如奖金、津贴、补贴等非固定性收入），并且这些解释在法律上能够得到认可，那么赔偿的计算基数可能会根据公司的解释和提供的证据来确定。但这种情况较为复杂，需要具体分析。

3. 合同工资与实际工资均低于当地最低工资标准的情况：

   • 如果合同工资和实际工资均低于当地最低工资标准，那么赔偿的计算基数应当按照当地最低工资标准来确定。这是为了保护员工的合法权益，防止公司通过签订低工资合同来规避法律责任。

三、法律建议

1. 收集证据：

   • 在处理此类纠纷时，建议您首先收集相关证据，包括劳动合同、工资条、银行转账记录等，以证明您的实际工资水平。

2. 与公司协商：

   • 在收集到足够证据后，您可以尝试与公司进行协商，要求公司按照实际工资水平支付经济补偿。如果公司拒绝协商或协商无果，您可以考虑通过法律途径来维护自己的权益。

3. 寻求法律援助：

   • 如果您对法律程序不熟悉或担心自己的权益无法得到保障，建议您寻求专业的法律援助。作为一名专注于婚姻家庭、劳动纠纷领域的律师，我可以为您提供专业的法律咨询和代理服务。

四、可能的法律后果

如果公司拒绝按照实际工资水平支付经济补偿，并且您通过法律途径来维护自己的权益，那么公司可能会面临法律制裁，包括但不限于支付拖欠的经济补偿、加付赔偿金等。同时，公司的声誉和信誉也可能会受到损害。

五、计算公式（以实际工资为计算基数）

经济补偿的计算公式通常为：经济补偿 = 工作年限 × 月工资。其中，“月工资”指的是员工在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。因此，如果您的实际工资为10000元，且工作年限为N年，那么您应获得的经济补偿为：\(10000元/月 \times N月\)。

综上所述，合同到期公司不续签时，赔偿的计算基数通常是按照实际工资来确定的。但具体还需结合实际情况和法律规定来判断。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。