结论：公司让签自愿离职，没有直接证据证明公司违法并不意味着公司就一定没有违法，是否违法需结合具体情况和相关法律规定来判断。以下从多个角度进行分析：
一、自愿离职协议的合法性基础
自愿离职协议，本质上是一种双方协商解除劳动合同的协议。根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者协商一致，可以解除劳动合同。这种协商解除劳动合同的方式，在双方自愿、平等、公平的基础上，是合法的。因此，如果自愿离职协议是双方真实意思的表示，且不存在欺诈、胁迫等情形，那么该协议是合法的，即使没有直接证据证明公司违法，也不能认定公司存在违法行为。
二、可能存在的违法行为及证据要求
然而，如果公司在要求员工签订自愿离职协议的过程中，存在以下情形，则可能构成违法行为：
欺诈或胁迫：如果公司以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使员工在违背真实意思的情况下签订自愿离职协议，那么该协议是无效的。此时，员工需要提供证据证明公司存在欺诈或胁迫行为，如录音、录像、聊天记录等。
未支付经济补偿：根据《劳动合同法》的规定，用人单位与劳动者协商一致解除劳动合同的，应当向劳动者支付经济补偿。如果公司未支付经济补偿，即使员工签订了自愿离职协议，也可能构成违法行为。此时，员工需要提供证据证明公司未支付经济补偿，如工资条、银行转账记录等。
违反法定程序：如果公司在解除劳动合同的过程中，违反了法定程序，如未提前通知员工、未听取员工意见等，也可能构成违法行为。此时，员工需要提供证据证明公司违反了法定程序，如公司通知、会议记录等。
三、无直接证据时的应对策略
如果员工没有直接证据证明公司存在上述违法行为，但怀疑公司可能存在不当行为，可以采取以下策略：
收集间接证据：尽量收集与自愿离职协议签订过程相关的间接证据，如与同事的聊天记录、公司内部的通知或公告等，这些证据可能有助于证明公司的行为存在不当之处。
咨询专业律师：向专业律师咨询，了解自己的权益和可能的维权途径。律师可以根据具体情况，为员工提供专业的法律建议和帮助。
申请劳动仲裁：如果员工认为公司存在违法行为，且无法通过协商解决，可以向劳动仲裁机构申请劳动仲裁。在仲裁过程中，员工需要提供证据证明自己的主张，劳动仲裁机构将根据事实和法律规定作出裁决。
建议：在面对公司要求签订自愿离职协议时，员工应谨慎对待，确保自己的权益不受侵害。如果怀疑公司存在违法行为，应及时收集证据并咨询专业律师。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供专业的法律建议。