结论：事业编教师在产假开学时提出辞职，是否会扣工资需视具体情况而定，包括辞职的时间节点、合同约定以及单位规章制度等因素。以下从不同角度为您详细分析：
一、辞职时间节点与工资扣除的关系
产假期间辞职：
- 如果教师在产假期间提出辞职，且辞职申请在产假结束前得到批准，那么根据《女职工劳动保护特别规定》等相关法律法规，女职工在产假期间享有工资待遇，单位不应因辞职而扣除其产假期间的工资。
- 但若辞职申请在产假结束后才得到批准，且教师未按照单位规定履行请假手续或未提前通知单位，单位可能会根据规章制度扣除部分工资或要求赔偿损失。不过，这种扣除或赔偿应合理且合法，不能违反法律法规的强制性规定。
产假结束后辞职：
- 如果教师在产假结束后提出辞职，且按照单位规定提前通知了单位（如提前30天书面通知），那么单位通常不应扣除其工资。
- 但若教师未提前通知或未按照单位规定办理离职手续，单位可能会根据规章制度扣除部分工资作为违约金或赔偿金。然而，这种扣除也应遵循法律法规的规定，不能随意扩大扣除范围或提高扣除比例。
二、合同约定与工资扣除
- 教师在入职时通常会与单位签订劳动合同，合同中会明确约定双方的权利和义务，包括工资待遇、辞职条件等。
- 如果合同中明确规定了教师在特定情况下辞职需要扣除工资或支付违约金，且这种规定不违反法律法规的强制性规定，那么单位在教师辞职时可能会按照合同约定扣除工资或要求支付违约金。
- 但如果合同中的相关规定违反了法律法规的强制性规定（如规定女职工在产假期间辞职需扣除全部工资），那么这些规定是无效的，单位不能据此扣除教师的工资。
三、单位规章制度与工资扣除
- 除了劳动合同外，单位还可能制定有内部规章制度，对教师的辞职、工资扣除等事项进行规定。
- 这些规章制度应当经过民主程序制定并公示，且不得违反法律法规的强制性规定。如果规章制度中规定了教师在特定情况下辞职需要扣除工资，且这种规定是合法有效的，那么单位在教师辞职时可能会按照规章制度扣除工资。
- 但如果规章制度中的相关规定违反了法律法规的强制性规定或未经过民主程序制定并公示，那么这些规定是无效的，单位不能据此扣除教师的工资。
四、法律建议
- 仔细审查合同和规章制度：在提出辞职前，教师应仔细审查与单位签订的劳动合同以及单位的规章制度，了解其中关于辞职和工资扣除的规定。
- 与单位协商：如果教师对合同或规章制度中的相关规定有疑问或不满，可以与单位进行协商，寻求合理的解决方案。
- 寻求法律援助：如果单位在教师辞职时违反了法律法规或合同约定扣除工资，教师可以向劳动监察部门投诉或寻求法律援助，维护自己的合法权益。
最后，事业编教师在产假开学时提出辞职是否会扣工资，需根据具体情况来判断。如果您对此有疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。