结论前置：加班费的计算基数需根据劳动合同约定、实际工资构成及当地法律法规综合判断，通常不低于基本工资且不得低于当地最低工资标准。明确约定优先，无明确约定时按实际发放的正常工作时间月工资确定，特殊情况需特殊考虑。以下是具体分析：

一、加班费计算基数的基本原则

1. 劳动合同明确约定的情况
   若劳动合同中明确约定了工资数额（如“月工资5000元”），且该数额与实际发放一致，同时不低于当地最低工资标准，则以合同约定工资为计算基数。例如：合同约定月工资6000元，则加班费计算基数为6000元。

2. 劳动合同约定不明确或与实际不符的情况
   若合同未明确约定工资，或约定工资与实际发放不一致（如合同写5000元，但实际每月发8000元），则以实际发放的正常工作时间月工资为基数。此处需排除加班费、奖金、津贴等非正常工作时间收入。
   计算公式：
   $\( \text{加班费计算基数} = \text{月实发工资} - \text{加班费} - \text{奖金} - \text{津贴/补贴} \)$
   示例：月实发8000元（含1000元加班费、500元奖金），则基数为6500元。

3. 特殊情况

   • 计件工资：以法定工作时间内的计件单价为基数。
     
   • 日工资折算：按月工资标准÷每月制度工作天数（如21.75天）计算日工资，再按小时折算。

二、加班费计算基数的法律依据与实际操作

1. 基本工资与实际工资的区别

   • 基本工资：劳动者正常工作时间的固定报酬，反映基本劳动价值，是加班费计算的主要参考。
     
   • 实发工资：包含基本工资、津贴、补贴、奖金等，但计算加班费时需剔除非正常工作时间收入（如加班费本身）。

2. 法律法规的重要性
   不同地区对加班费计算标准可能有差异（如上海、广东等地规定更细致），需参考当地政策。例如：

   • 《上海市企业工资支付办法》规定，加班费计算基数按劳动合同约定执行；无约定时，按集体合同或实际发放工资的70%确定（但不得低于最低工资标准）。
     
   • 《广东省工资支付条例》明确，加班费计算基数为劳动者正常工作时间工资，且不得低于当地最低工资标准。

3. 劳动合同的签订与维护

   • 劳动者：签订合同时应明确加班费计算基数和方式，避免模糊条款（如“按公司规定执行”）。
     
   • 用人单位：需遵守法律法规，合理确定基数，避免因计算错误引发劳动仲裁（如未剔除奖金导致基数虚高）。

三、总结与建议

1. 劳动者：

   • 签订合同前仔细审阅工资条款，明确加班费计算方式。
     
   • 保留工资条、考勤记录等证据，便于维权。
     
   • 若发现用人单位计算违法，可先协商，协商不成可申请劳动仲裁。

2. 用人单位：

   • 制定清晰的工资制度，明确加班费计算基数。
     
   • 定期培训HR，避免因计算错误承担法律责任（如补发加班费、支付赔偿金）。

示例场景：
小王在深圳工作，合同约定月工资7000元，实际每月发9000元（含2000元奖金）。若公司以7000元为基数计算加班费，是否合法？

• 分析：深圳无特殊规定时，应按实际发放的正常工资（9000-2000=7000元）为基数。若合同约定与实际一致，公司做法合法；若合同未约定或约定低于实际，则需按7000元计算。

如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合您的具体情况详细解答。