不可以直接处理农民工工资，需分情况按法定程序处理。以下是具体分析：

1. 总包与分包之间的合同关系及函件沟通问题
   总包与分包之间通常存在工程分包合同，合同中会明确双方的权利义务，包括工程款支付、农民工工资发放等事项。总包向分包发函，若函件内容涉及农民工工资支付问题，分包未回复，这并不意味着总包可以直接处理农民工工资。因为从合同相对性原则来看，分包是直接与农民工建立劳动关系的主体，原则上应由分包负责农民工工资的支付。总包直接处理工资，可能违反合同约定和正常的工程管理流程。

2. 法律规定的保障农民工工资支付机制
   根据《保障农民工工资支付条例》等相关法律法规，建设单位（总包在一定程度上承担类似监督责任）有监督分包单位劳动用工和工资发放等情况的义务。当分包未按照规定支付农民工工资时，总包并非可以直接处理工资，而是有一定的处理程序：

   • 督促与报告：总包应先督促分包单位支付农民工工资。若分包单位仍不支付，总包需要向行业工程建设主管部门和其他有关部门报告。
   • 垫付与追偿（特定情形下）：在分包单位拖欠农民工工资，且总包未按照合同约定及时拨付工程款中的人工费用时，总包需要先以未结清的工程款为限先行垫付被拖欠的农民工工资。之后，总包有权向分包单位追偿。但如果总包已经按照合同约定及时足额拨付了人工费用，分包仍拖欠工资，总包一般不需要直接垫付，而是通过上述报告等程序，由相关部门责令分包支付，或者通过劳动争议仲裁、诉讼等途径解决。

3. 直接处理工资可能引发的法律风险
   如果总包在不符合法定条件的情况下直接处理农民工工资，可能会面临以下风险：

   • 与分包的合同纠纷：分包可能会以总包违反合同约定，擅自处理工资为由，向总包主张违约责任，要求总包赔偿损失等。
   • 与农民工的纠纷：若总包处理工资的方式不当，如计算错误、支付对象错误等，可能会引发与农民工之间的纠纷，给总包带来不必要的麻烦和损失。

所以，总包在分包未回复发函的情况下，不能直接处理农民工工资，而应按照法律法规规定的程序和方式来处理相关问题。如果还有其他疑问，欢迎继续向我咨询。