不可以直接抵扣。在未经过分包单位同意的情况下，将农民工工资直接抵扣分包单位工程款，涉及多个法律层面的问题，以下从不同角度进行分析：

1. 合同相对性原则：

   • 通常情况下，工程款的支付与农民工工资的支付是两个独立的法律关系。工程款是发包方与分包方之间基于建设工程合同产生的债权债务关系；而农民工工资则是分包方与其雇佣的农民工之间的劳动关系或劳务关系产生的支付义务。
   • 根据合同相对性原则，发包方无权直接将应付给分包方的工程款用于支付农民工工资，除非合同中有特别约定或分包方明确同意。

2. 农民工工资支付保障：

   • 为了保障农民工的合法权益，我国有专门的法律法规对农民工工资支付进行规范，如《保障农民工工资支付条例》等。
   • 这些法规通常要求分包方或总承包方设立农民工工资专用账户，并确保工资专款专用。直接抵扣工程款可能违反这些规定，损害农民工的合法权益。

3. 法律后果与风险：

   • 如果发包方未经分包方同意直接抵扣工程款用于支付农民工工资，可能构成违约行为，需要承担违约责任，如支付违约金、赔偿损失等。
   • 同时，这种行为也可能引发劳动争议或法律纠纷，对发包方的声誉和业务发展造成不利影响。

4. 合法合规的解决方式：

   • 如果发包方希望确保农民工工资得到及时支付，可以与分包方协商，要求分包方提供农民工工资支付计划或担保措施。
   • 在分包方同意的情况下，可以设立共管账户或第三方监管账户，确保工程款中的一部分用于支付农民工工资。
   • 如果分包方拒不支付农民工工资，发包方可以根据相关法律法规和合同约定，采取法律手段追究分包方的责任，并协助农民工维护其合法权益。

建议：在实际操作中，发包方应严格遵守相关法律法规和合同约定，确保工程款和农民工工资的支付合法合规。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。