结论：职工未休年休假已发加班费，是否应该从总工作时长内扣除，这主要取决于加班费的性质以及公司内部的规章制度或劳动合同中的约定。一般情况下，未休年休假的加班费不应直接从总工作时长中扣除，而是应作为额外的薪酬支付给职工。
分析说明：
加班费的性质：
- 加班费是职工在超出正常工作时间后工作所应得的额外报酬，它是对职工额外劳动的补偿。
- 年休假是职工依法享有的休息休假权利，未休年休假而获得的加班费，实际上是对职工未享受休假权利的一种经济补偿。
总工作时长的含义：
- 总工作时长通常指的是职工在一段时间内实际工作的总时间，它用于计算职工的工资、加班费等薪酬。
- 将未休年休假的加班费从总工作时长中扣除，实际上是在改变总工作时长的计算方式，这通常没有法律依据，也不符合薪酬计算的常规做法。
公司规章制度或劳动合同的约定：
- 如果公司规章制度或劳动合同中明确规定了未休年休假的加班费应从总工作时长中扣除，那么这一规定可能对公司和职工具有约束力。但这样的规定需要符合法律法规的强制性规定，且不得损害职工的合法权益。
- 在没有明确约定的情况下，将未休年休假的加班费从总工作时长中扣除，可能缺乏合法依据，也可能引发劳动争议。
法律建议：
对于职工：
- 如果公司试图将未休年休假的加班费从总工作时长中扣除，职工可以首先查阅公司规章制度或劳动合同中的相关约定。
- 如果没有明确约定或约定不合法，职工可以与公司进行协商，要求公司按照法律法规的规定支付加班费。
- 如果协商无果，职工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
对于公司：
- 公司应制定合法合规的规章制度，明确加班费的计算方式和支付标准。
- 在支付加班费时，应遵循法律法规的规定，不得损害职工的合法权益。
- 如果公司确实需要调整加班费的支付方式或计算标准，应与职工进行充分协商，并达成一致意见后修改规章制度或劳动合同。
可能后果：
- 如果公司违法扣除未休年休假的加班费，可能面临劳动监察部门的处罚，如罚款、责令改正等。
- 职工也可能因此提起劳动仲裁或诉讼，要求公司支付被扣除的加班费及可能的赔偿金。
举例说明：
假设某职工在一年内未休年休假5天，公司按照其日工资的200%支付了加班费。如果公司试图将这5天的加班费从职工的总工作时长中扣除，以减少其他薪酬的支付，这一做法可能缺乏合法依据。职工可以依据相关法律法规和公司规章制度，要求公司按照实际工作时长支付薪酬，并保留追究公司法律责任的权利。