在综合计算工时制下，员工的年休假时间一般不需要从总工时里扣掉。这是员工依法享有的休息权利，与工时制度的类型无直接关联。以下是对此问题的详细分析：

一、法律依据

1. 《职工带薪年休假条例》第二条明确规定，机关、团体、企业、事业单位、民办非企业单位、有雇工的个体工商户等单位的职工连续工作1年以上的，享受带薪年休假。单位应当保证职工享受年休假，且在年休假期间，职工享受与正常工作期间相同的工资收入。
2. 《劳动法》及相关规定也指出，职工连续工作满12个月以上的，即可享受年休假。年休假的天数根据职工累计工作年限来确定，这一权益与工时制度没有直接关系。

二、综合计算工时制与年假的关系

1. 综合计算工时制的定义：这是一种特殊的工时制度，主要适用于因工作性质特殊或受季节及自然条件限制，需在一段时间内连续作业的情况。它采取以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的方法。
2. 年假的法定性：年休假是法律赋予劳动者的法定休息权利，旨在保障劳动者的身心健康和休息权益。无论企业实行的是标准工时制、不定时工时制还是综合计算工时制，只要职工符合法律规定的休假条件，就有权享受年休假。
3. 综合计算工时制下的年假处理：在综合计算工时制下，尽管工作时间是在一定周期内综合计算的，但这并不影响职工享受年休假的权利。即使职工在某个周期内的工作时间超过了标准工作时间，也不能以此为由扣除其应享受的年休假天数。年休假期间应视为正常出勤，用人单位需按照正常工资标准支付薪酬。

三、特殊情况的处理

虽然一般情况下综合计算工时制下的年假不需要扣除，但如果劳动合同中有特别且合法的约定（如对于综合计算工时制下的年休假有特别的计算方法或扣除规定），则需要按照劳动合同的约定来执行。然而，这些约定必须符合国家法律法规对于年休假的基本规定，不能侵犯劳动者的合法权益。例如，不能约定将年休假时间从总工时中扣除，这样的约定是无效的。

四、实际应用中的建议

1. 与用人单位沟通：如果劳动者遇到关于综合计算工时制下年假被不合理扣除的问题，建议首先与用人单位进行沟通协商，明确表达自己的权益和诉求。
2. 寻求法律援助：若无法与用人单位达成一致，劳动者可以咨询专业的法律人士，了解自己的权益和可行的维权途径。
3. 申请劳动仲裁：在必要时，劳动者可以向劳动仲裁机构申请仲裁，以维护自己的合法权益。

综上所述，综合计算工时制下的年假一般不需要从总工时里扣掉。用人单位应严格遵守相关法律法规，确保劳动者的休息权益得到充分保障。如果你还有其他关于劳动工伤（工资福利）方面的问题，欢迎直接向我咨询。