在综合工时制下，年休假工时不应算入加班工时。以下从法律原理、实际操作及法律后果等角度为你详细分析：

法律原理层面

1. 年休假性质：年休假是《职工带薪年休假条例》赋予劳动者的合法权益，其目的是保障劳动者在连续工作一定时间后能够有时间休息和放松，恢复体力和精力，本质是让劳动者得到充分休息，而非继续提供劳动。
2. 综合工时制特点：综合工时制以一定周期（如周、月、季、年）为单位综合计算工作时间，平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同，但具体工作时间安排更灵活。
3. 不计入工时依据：从工时计算角度看，综合工时制下的工时计算主要依据劳动者实际从事工作的时间。年休假期间劳动者未实际提供劳动，所以不应将年休假时间计算在工时内。若将年休假算作工时，违背了设立年休假制度保障劳动者休息权利的初衷，可能导致劳动者无法真正享受应有的休息时间。

实际操作层面

1. 工资支付：虽然年休假不算工时，但劳动者在年休假期间享有带薪待遇，用人单位应按照劳动者正常工作期间的工资收入支付年休假工资报酬。例如，若劳动者正常工作期间月工资为5000元，那么年休假期间用人单位也应按此标准支付工资。
2. 工时统计与管理：用人单位在统计和管理综合工时制下的工时情况时，要明确区分正常工作时间、加班时间和年休假时间等不同时间类别。建立健全考勤制度和工时记录制度，确保工时计算准确合规，这既有助于用人单位有效管理员工工作时间，也能在发生劳动争议时提供有力证据支持。
3. 合理安排工作与休息：用人单位应合理安排员工工作和休息时间，确保劳动者在综合计算周期内既能完成工作任务，又能享受充分休息。合理的工作安排和休息制度可提高劳动者工作效率和满意度，降低因过度劳累导致的健康问题和安全风险。

法律后果层面

如果用人单位错误地将年休假工时计入加班工时，可能会面临以下法律风险：

1. 劳动争议风险：劳动者可能会因此与用人单位产生争议，向劳动仲裁机构申请仲裁或向法院提起诉讼，要求用人单位纠正错误计算方式，并可能要求支付相应的经济补偿。
2. 行政处罚风险：劳动行政部门在监督检查过程中，若发现用人单位存在违规计算工时的行为，可能会责令用人单位改正，并给予相应的行政处罚。

若你在综合工时制下遇到年休假工时计算、加班工资支付等相关问题，可直接向我咨询。