综合工时制下，病假是否扣减总工时，主要取决于病假期间是否提供了正常劳动以及公司的具体规章制度，但通常情况下，病假期间是不计入综合工时的，即不会扣减总工时中的正常工作时间部分，但可能会影响加班工资的计算。以下从几个方面进行详细分析：
综合工时制的基本特点：
- 综合工时制是一种特殊的工作时间制度，它允许在一定周期内（如周、月、季、年）将工作时间进行平均计算，只要总工时不超过法定标准，就不视为加班。
- 在这种制度下，员工的工作时间不是按天计算，而是按周期内的总工时来计算。
病假期间的工时处理：
- 病假是员工因疾病或非因工负伤需要停止工作进行治疗时，依法享受的假期。
- 在病假期间，员工通常无法提供正常劳动，因此这段时间不应计入综合工时的正常工作时间部分。
- 公司不应因员工病假而扣减其总工时中的正常工作时间，但可能会根据内部规章制度，对病假期间的工资进行相应调整（如按病假工资标准支付）。
加班工资的计算影响：
- 在综合工时制下，加班工资的计算是基于总工时超过法定标准工时的部分。
- 如果员工在病假期间未提供劳动，且该期间不计入总工时，那么病假本身不会直接影响加班工资的计算。
- 但是，如果员工在病假前或病假后存在加班情况，且总工时超过了法定标准，那么超出部分仍应依法支付加班工资。
公司规章制度的影响：
- 具体是否扣减总工时，还可能受到公司内部规章制度的影响。
- 有些公司可能规定，病假期间不计入综合工时，但会按照一定比例扣减工资或奖金；而有些公司则可能完全不扣减工时，但会按照病假工资标准支付工资。
- 因此，员工在享受病假前，应了解并遵守公司的相关规章制度。
建议：
- 员工在享受病假前，应仔细阅读公司的规章制度，了解病假期间的工时处理方式和工资支付标准。
- 如果对公司的处理方式有疑问或不满，可以与公司的人力资源部门或工会进行沟通协商。
- 在必要时，可以寻求法律援助或咨询专业律师，以维护自己的合法权益。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。