综合工时制下，病假通常不计入工时。以下是对这一问题的详细分析：
一、综合工时制与病假的性质
综合工时制：这是一种特殊的工时制度，它允许在一定周期内（如周、月、季、年）灵活安排工作时间，但总工作时间不能超过法定标准工作时间。这种制度的核心是围绕劳动者实际付出的劳动量进行核算。
病假：是员工因健康问题无法正常工作所享受的休假权益。它并非员工为了完成工作任务而投入的有效工作时间，而是他们因健康原因无法履行工作职责的特定阶段。
二、病假不计入工时的法律依据与合理性
法律依据：虽然相关法律法规并未明确规定综合工时制下病假必须不计入工时，但考虑到病假的性质和综合工时制的核心，病假时间通常不应计入实际工作工时。这是因为病假期间员工并未实际付出劳动，不符合综合工时制下“实际付出劳动量”的核算原则。
合理性：从病假的性质来看，它并非员工为了完成工作任务而投入的时间，而是他们因健康原因无法工作的特殊时期。因此，在计算综合工时制的总工时时，将病假时间排除在外是合理的。
三、特殊情况下的处理
尽管病假通常不计入工时，但在某些特殊情况下，用人单位可能会根据具体情况作出不同处理：
支付正常工资的病假：如果用人单位按照正常出勤工资标准支付劳动者病假期间的工资，那么出于工资与工作时间对应的考虑，用人单位可能会将这部分病假时间计入工时。但这种情况并不常见，且需要确保符合相关法律法规的规定。
劳动合同和规章制度的约定：用人单位与劳动者签订的劳动合同以及单位内部的规章制度可以对综合工时制下病假是否计入工时进行约定或规定。如果劳动合同或规章制度中明确规定了病假计入或不计入工时的具体条款，并且这些条款不违反法律法规的强制性规定，那么双方应按照约定或规定执行。
四、实际操作建议
了解当地法律法规：用人单位和员工应首先了解当地关于综合工时制和病假的法律法规，以确保对病假是否计入工时有准确的理解。
明确劳动合同和规章制度：用人单位在制定劳动合同和规章制度时，应明确规定综合工时制下病假是否计入工时，并确保这些规定符合法律法规的要求。
妥善处理病假期间的工资支付：无论病假是否计入工时，用人单位都应按照相关法律法规的规定支付病假期间的工资或疾病救济费。
及时沟通与协商：如果用人单位和员工在病假是否计入工时的问题上存在争议，应及时进行沟通与协商，以寻求合理的解决方案。
总结来说，综合工时制下病假通常不计入工时，但具体处理可能因用人单位的规章制度、劳动合同约定以及当地法律法规的不同而有所差异。因此，在实际操作中，建议用人单位和员工参考当地的相关法律法规和企业规章制度，以确保对综合工时制下病假是否计入工时有准确的理解和应用。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。