在综合工时制度下，年休假是计入工时的。以下是对此问题的详细分析：

一、综合工时制度下年休假的工时计算

在综合工时制度下，每月工时以月为基准进行计算，累计标准工时数为166.67小时。这一计算方式是通过将一年的天数（365天）减去法定节假日的11天和休息日的104天，再除以12个月，最后乘以每天8小时得出的。即：\([(365-11-104){\\div}12]\\times8=166.67\)（小时）。

在这个计算过程中，已经包含了年休假的工时。因为年休假是劳动者依法享有的休息权利，且在综合工时制度下，员工合法休假就相当于完成了正常的职责。所以，当员工休年休假时，应视为其提供了正常的劳动，该年休假期间应当计入工时总数中。

二、年休假工资的计算与扣除

1. 年休假工资的计算：

   • 应按劳动者日工资收入的300%支付年休假工资报酬。
   • 日工资收入按照劳动者本人的月工资除以月计薪天数（21.75天）进行折算。

2. 扣除情况：

   • 如果劳动者因本人原因未休年休假，用人单位只支付其正常工作期间的工资收入。但用人单位应按照该劳动者日工资收入的300%支付年休假工资报酬（其中包含用人单位支付职工正常工作期间的工资收入）。
   • 用人单位安排职工休年休假，但是职工因本人原因且书面提出不休年休假的，用人单位只支付其正常工作期间的工资收入。

三、年休假与加班工时的区别

年休假计算通常不纳入加班工时。年休假是劳动者依法享有的休息权利，与加班工时属于不同的范畴。加班工时是劳动者在法定工作时间之外额外工作的时间，需按规定支付加班工资。而年休假是基于劳动者的工作年限等因素，给予的一定期间的带薪休假。两者的计算依据和目的不同。一般来说，用人单位应按照规定安排劳动者休年休假，不能用加班工时来冲抵年休假。但在一些特殊情况下，如经双方协商一致等，可能会有不同的处理方式。

四、法律依据

• 《职工带薪年休假条例》第三条：职工累计工作已满1年不满10年的，年休假5天；已满10年不满20年的，年休假10天；已满20年的，年休假15天。国家法定休假日、休息日不计入年休假的假期。
• 《劳动法》第五十一条：劳动者在法定休假日和婚丧假期间以及依法参加社会活动期间，用人单位应当依法支付工资。这一条款也间接支持了年休假期间应计入工时并支付工资的观点。

总结与建议：

在综合工时制度下，年休假是计入工时的。员工在休年休假期间，应视为其提供了正常的劳动，并享受相应的工资待遇。如果用人单位未按照规定安排员工休年休假或未支付相应的工资报酬，员工可以依法维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。