结论：综合工时制下，年假工时是否计入当月工时需分情况讨论，具体取决于企业工时管理规则及劳动合同约定，但法律未强制要求计入。以下是详细分析：

1. 综合工时制的核心逻辑
   根据《关于企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的审批办法》，综合工时制以周、月、季、年为周期综合计算工作时间，平均日/周工作时间应与标准工时制基本相同（即每日8小时、每周40小时）。年假属于法定带薪休假，其本质是“休息权”的体现，而非“工作时间”，因此从法律性质上，年假工时不应直接计入综合工时制的总工时。

2. 企业实际操作中的常见处理方式

   • 不计入当月工时：多数企业会将年假视为“非出勤日”，在计算当月综合工时时直接扣除年假天数（例如：当月应出勤21天，员工休3天年假，则按18天计算工时）。这种处理方式符合综合工时制“以实际工作时间为核心”的原则，且不会因年假导致员工当月工时超标。
     
   • 计入当月工时但后续调整：部分企业可能为简化管理，先将年假工时计入当月总工时，再在周期结束时（如季度末）根据实际出勤情况调整。例如：员工当月休3天年假，企业先按21天计算工时，若季度总工时未超标，则无需扣减；若超标，则从超标部分中扣除年假对应的工时。
     
   • 劳动合同或规章制度明确约定：若企业与员工在劳动合同或规章制度中明确约定“年假工时计入综合工时”，且该约定不违反法律强制性规定（如未导致员工实际工作时间超过法定上限），则可能被认定为有效。但此类约定需谨慎设计，避免被认定为变相剥夺员工休息权。

3. 法律风险提示

   • 超时加班风险：若企业将年假工时计入综合工时，且未在周期内通过调休或支付加班费补偿，可能导致员工实际工作时间超过法定标准（如季度总工时超过500小时），企业需承担支付150%加班费的法律责任。
     
   • 休息权保障义务：根据《劳动法》第38条，用人单位必须保障劳动者休息权。若企业通过计入年假工时的方式变相要求员工“补班”，可能被认定为未依法安排休假，员工有权要求企业支付未休年假工资（日工资的300%）。

4. 实务建议

   • 企业端：建议在综合工时制实施方案中明确年假工时的处理规则（如不计入当月工时），并通过民主程序（职工代表大会讨论）完善规章制度，避免争议。
     
   • 员工端：若发现企业将年假工时强制计入综合工时，可要求企业出具书面计算依据，并核对周期内总工时是否超标。若超标，可主张加班费或未休年假工资。

总结：综合工时制下，年假工时是否计入当月工时无统一法律强制要求，但企业需确保周期内总工时不超标，且不得变相剥夺员工休息权。如有具体案例或合同条款需要分析，可进一步提供细节，我会为您详细解答。