在综合计算工时制下，员工依然享有年假，且年假期间不应算作工时。以下是对此问题的详细分析：
一、年假的法律依据与性质
法律依据：
- 根据《职工带薪年休假条例》第二条，机关、团体、企业、事业单位、民办非企业单位、有雇工的个体工商户等单位的职工连续工作1年以上的，享受带薪年休假。单位应当保证职工享受年休假，且在年休假期间，职工享受与正常工作期间相同的工资收入。
年假性质：
- 年休假是法律赋予劳动者的法定休息权利，旨在保障劳动者的身心健康和休息权益。无论企业实行的是标准工时制、不定时工时制还是综合计算工时制，只要职工符合法律规定的休假条件，就有权享受年休假。
二、综合计算工时制与年假的关系
综合计算工时制的定义：
- 综合计算工时制是一种特殊的工时制度，主要适用于因工作性质特殊或受季节及自然条件限制，需在一段时间内连续作业的情况。它采取以周、月、季、年等为周期综合计算工作时间的方法。
年假在综合计算工时制下的处理：
- 在综合计算工时制下，尽管工作时间是在一定周期内综合计算的，但这并不影响职工享受年休假的权利。年休假期间应视为正常出勤，用人单位需按照正常工资标准支付薪酬，且不应将年休假时间计算在工时内。
三、年假天数的确定与计算
年假天数的确定：
- 职工累计工作已满1年不满10年的，年休假为5天；
- 已满10年不满20年的，年休假为10天；
- 已满20年的，年休假为15天。
年假期间的工资计算：
- 年休假期间视为正常出勤，用人单位应按正常出勤应得的工资标准支付报酬。如劳动合同有约定，按约定执行；集体合同标准高于劳动合同的，按集体合同执行。无约定的，可由用人单位与职工代表协商确定，或按劳动者本人所在岗位正常出勤月工资的70%确定（但实际操作中，多按正常工资标准支付）。
四、特殊情况与注意事项
特殊情况：
- 如果劳动合同中有特别且合法的约定（如对于综合计算工时制下的年休假有特别的计算方法或扣除规定），则需要按照劳动合同的约定来执行。然而，这些约定必须符合国家法律法规对于年休假的基本规定，不能侵犯劳动者的合法权益。
注意事项：
- 用人单位应合理安排职工的年假时间，确保职工能够享受到应有的带薪年假权益。
- 在计算未休年假补偿时（如用人单位经职工同意不安排年休假或安排天数少于应休天数的），应准确核算职工的月工资和日工资收入，按照职工日工资收入的300%支付未休年休假工资报酬（其中包含正常工作期间的工资收入，因此实际还需额外支付的金额为日工资收入的200%）。
五、法律建议
- 对于劳动者：如果遇到关于综合计算工时制下年假被不合理扣除的问题，建议首先与用人单位进行沟通协商；若无法解决问题，可以寻求法律帮助，以维护自己的合法权益。
- 对于用人单位：应严格遵守相关法律法规，确保劳动者的休息权益得到充分保障，避免因违反规定而引发的法律纠纷。
综上所述，在综合计算工时制下，员工依然享有年假，且年假期间不应算作工时。用人单位应合理安排职工的年假时间，并确保职工在年假期间享受到应有的工资待遇。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。