在综合计算工时工作制下，年休假的时间是不应计入当年总工时的。以下是从多个角度进行的详细分析：
一、法律原理与规定
年休假的性质：
- 年休假是《职工带薪年休假条例》明确赋予劳动者的合法权益，其目的在于保障劳动者在连续工作一定时间后，能够有时间休息和放松，从而恢复体力和精力。
- 年休假本质上是劳动者的一种福利，旨在让劳动者得到充分的休息，而非继续提供劳动。
综合工时制的特点：
- 综合工时制是一种特殊的工时制度，它以一定周期（如周、月、季、年）为单位来综合计算工作时间。
- 在这种制度下，虽然平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同，但具体的工作时间安排更加灵活，以适应某些行业或岗位的工作特点。
不计入工时的法律依据：
- 从工时计算的角度来看，综合工时制下的工时计算主要依据劳动者实际从事工作的时间。年休假期间，劳动者并未实际提供劳动，因此不应将年休假时间计算在工时内。
- 将年休假算作工时违背了设立年休假制度的初衷，即保障劳动者的休息权利。如果年休假算工时，可能会导致劳动者无法真正享受到应有的休息时间，这与法律法规的规定相悖。
二、实际操作中的考量
工资支付：
- 虽然年休假不算工时，但劳动者在年休假期间是享有带薪待遇的。用人单位应按照劳动者正常工作期间的工资收入支付年休假工资报酬，确保劳动者在享受年休假的同时，不会因未实际工作而遭受经济损失。
工时统计与管理：
- 用人单位在统计和管理综合工时制下的工时情况时，应明确区分正常工作时间、加班时间和年休假时间等不同的时间类别。
- 建立健全的考勤制度和工时记录制度对于确保工时计算的准确性和合规性至关重要。这不仅有助于用人单位有效管理员工的工作时间，还能在发生劳动争议时提供有力的证据支持。
合理安排工作与休息：
- 用人单位应合理安排员工的工作和休息时间，确保劳动者在综合计算周期内既能完成工作任务，又能享受到充分的休息。
- 通过合理的工作安排和休息制度，可以提高劳动者的工作效率和满意度，同时降低因过度劳累而导致的健康问题和安全风险。
三、法律后果与风险提示
- 如果用人单位将年休假时间计入工时总数，可能面临劳动行政部门的处罚，包括但不限于警告、罚款等。
- 劳动者也有权向劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁，要求用人单位纠正违法行为并支付相应的工资报酬和赔偿金。
总结与建议：
在综合计算工时工作制下，年休假的时间是不应计入当年总工时的。用人单位应严格遵守相关法律法规，确保劳动者的合法权益得到有效保障。如果在实际操作中遇到任何问题或疑问，建议及时咨询专业律师或相关劳动行政部门，以避免潜在的法律风险。如有任何法律问题，都可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律意见和帮助。