在综合计算工时制度下，员工年休假的计算主要遵循国家的相关法律法规，特别是《职工带薪年休假条例》。以下是对综合计算工时制度下年休假如何计算的详细解答：
一、年休假天数的确定
这些天数是根据员工在同一单位连续工作的时间来确定的，与员工所在的具体岗位或工作性质无关，但前提是员工必须连续工作满1年才能享受年休假。
二、年休假计算的注意事项
连续工作年限：计算年休假时，关注的是员工在同一单位或连续工作的年限，而不是累计工作年限（除非有特别规定）。但通常，只要员工在不同单位之间的工作是连续的，且没有长时间的中断，这些年限也可以被计入连续工作年限中，具体需根据当地劳动法规或单位政策确定。
国家法定休假日、休息日：这些日子不计入年休假的假期。也就是说，如果年休假期间正好赶上了国家法定休假日或休息日，这些日子不会从年休假天数中扣除。
未休年假的经济补偿：如果单位因工作需要不能安排员工休年休假，或者员工因个人原因未休完年休假，单位应当按照员工日工资收入的300%支付年休假工资报酬（其中包含单位已支付员工正常工作期间的工资收入）。但需要注意的是，这个规定可能因地区或单位政策的不同而有所调整，具体需参照当地劳动法规。
三、综合计算工时制度的特点
在综合计算工时制度下，虽然员工的工作时间可能不是按照标准的每天8小时、每周40小时来计算，但单位需要确保员工的平均每日工作时间和平均每周工作时间与法定标准工作时间基本相同。这意味着，尽管员工可能在某些周或月内工作时间较长，但在其他周或月内工作时间会相应减少，以保持整体工作时间的平衡。
四、总结
综合计算工时制度下的年休假计算，主要依据员工在同一单位连续工作的时间来确定年休假天数。单位需要确保员工享受年休假的权利，并在员工未休年假时给予相应的经济补偿。同时，员工也需要了解自己的年休假权益，合理规划休假时间，确保工作与生活的平衡。