结论前置：员工向公司提出辞职，公司以直属领导不在为由拒绝办理，这是不合法的。员工有权依法解除劳动合同，公司不得以不合理的理由拒绝。

详细分析：

1. 员工辞职的法定权利：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十七条的规定，劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。这意味着，员工辞职是法定的权利，只要按照法定程序进行，公司就应当接受。

2. 公司拒绝办理的违法性：

   • 公司以直属领导不在为由拒绝办理员工辞职，这并不构成合法的拒绝理由。员工的辞职权是法定的，不因公司内部管理流程或个别领导的缺席而受到影响。公司应当尊重员工的辞职决定，并按照法定程序办理离职手续。

3. 员工应如何应对：

   • 保留证据：员工应当保留好自己提出辞职的书面证据，如辞职信、邮件、短信等，以证明自己已经按照法定程序提出了辞职。
   • 与公司沟通：员工可以与公司的人力资源部门或相关负责人进行沟通，说明自己的辞职决定和法定权利，要求公司按照法定程序办理离职手续。
   • 寻求法律援助：如果公司仍然拒绝办理，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，或者寻求法律援助，通过法律途径维护自己的合法权益。

4. 公司可能面临的法律后果：

   • 如果公司拒绝办理员工辞职，并因此给员工造成损失的，公司可能需要承担赔偿责任。例如，员工可能因公司拒绝办理辞职而错过其他工作机会，造成经济损失，公司可能需要对此进行赔偿。
   • 此外，公司还可能面临劳动监察部门的处罚，如罚款、责令改正等。

建议与提醒：

• 对于员工而言，在提出辞职时，最好采用书面形式，并保留好相关证据，以便在需要时证明自己的辞职决定和法定权利。
• 对于公司而言，应当尊重员工的辞职权，按照法定程序办理离职手续，避免因此引发不必要的法律纠纷和损失。

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