结论前置：店里因少东西而直接从员工工资中扣除款项，这一做法通常是不合法的，但具体还需根据实际情况和相关证据来判断。以下从不同角度为您详细分析：

1. 从劳动合同和规章制度的角度：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关规定，用人单位与劳动者应当按照劳动合同的约定，全面履行各自的义务。劳动合同中应明确工资支付的标准、方式、时间等关键条款。
   • 如果用人单位的规章制度中明确规定了因员工原因导致店里损失时，可以从工资中扣除相应款项，并且这一规章制度已经经过民主程序制定、公示且不违反法律法规的强制性规定，那么在这种情况下，从员工工资中扣除损失可能是合法的。但即便如此，扣除的金额也应有限制，通常不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。

2. 从实际损失与员工责任的角度：

   • 店里少东西并不一定就是员工的责任。用人单位需要提供充分的证据证明损失是由员工的故意或重大过失造成的。如果无法提供这样的证据，那么直接从员工工资中扣除款项就是不合法的。
   • 即使损失是由员工造成的，用人单位也应首先尝试通过协商、调解等方式与员工解决纠纷，而不是直接采取扣除工资的方式。

3. 从法律后果的角度：

   • 如果用人单位未经合法程序或无正当理由从员工工资中扣除款项，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求用人单位返还被扣除的工资，并可能要求用人单位支付赔偿金。
   • 在极端情况下，如果用人单位的行为构成恶意拖欠工资或拒不支付劳动报酬，还可能面临刑事责任的追究。

建议：

• 对于用人单位而言，应建立健全的规章制度，明确损失赔偿的程序和标准，并在与员工签订劳动合同时进行明确告知。在发生损失时，应积极收集证据，通过合法途径与员工解决纠纷。
• 对于员工而言，如果发现用人单位未经合法程序或无正当理由从自己的工资中扣除款项，应及时向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

举例说明： 假设某店铺因员工疏忽导致一批货物丢失，店铺老板未经与员工协商或提供充分证据的情况下，直接从员工当月工资中扣除了全部损失金额。这种做法就是不合法的，因为店铺老板没有遵循合法的程序，也没有证明损失完全是由员工的故意或重大过失造成的。员工有权要求店铺老板返还被扣除的工资，并可能要求支付赔偿金。

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