店长扣工资是否合法，需根据具体情况来判断。以下是对不同情形的详细分析：

1. 合法扣除的情形：

   • 若员工因自身过错，如违反规章制度给店铺造成损失，店长依规扣除相应工资，通常是合理的。但扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的工资不得低于当地最低工资标准。
   • 法定代扣代缴的情形，如个人所得税、社会保险费用等，也是合法的。

2. 不合法扣除的情形：

   • 若店长无故克扣员工工资，或扣除的理由不合理，如因员工迟到几分钟、与顾客发生小争执等轻微原因就扣工资，这种扣除是违法的。
   • 扣除的金额过多，甚至影响到员工的最低生活标准，也是不合法的。

面对店长扣工资的情况，员工可以采取以下措施：

• 首先与店长沟通协商，要求其说明扣工资的理由，并提供相应的证据。
• 若协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，由劳动监察部门责令店长限期支付工资差额。
• 若店长逾期不支付，劳动监察部门可以责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向员工加付赔偿金。
• 员工也可以直接申请劳动仲裁，通过法律途径来维护自己的合法权益。

在整个过程中，员工要注意保留好劳动合同、工资条、考勤记录等相关证据，以便在需要时提供证明。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。