盘点少了扣员工工资是否合法，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度为你详细分析：

一、若盘点损耗非员工本人原因

1. 法律背景：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
   • 《工资支付暂行规定》第十六条也明确指出，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位才可按照劳动合同的约定要求赔偿，并从工资中扣除。若损耗并非员工本人原因，则超市无权扣减员工工资。

2. 具体分析：

   • 盘点损耗可能由多种因素造成，如商品过期、被盗（非员工所为）、供应商供货差异、系统录入错误等。
   • 在这些情况下，由于损耗并非员工本人故意或重大过失导致，用人单位无权以盘点损耗为由扣减员工工资。

3. 法律后果：

   • 若用人单位随意扣减员工工资，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求用人单位支付被扣减的工资及可能的赔偿金。

二、若盘点损耗是员工本人原因

1. 法律背景：

   • 同样依据《工资支付暂行规定》第十六条，若因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失，用人单位可按照劳动合同的约定要求赔偿，并从工资中扣除。
   • 但扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。

2. 具体分析：

   • 若用人单位有确凿证据证明商品损耗是由于员工本人故意或重大过失造成的，如员工监守自盗、工作严重失职导致商品损坏丢失等，用人单位有权按照劳动合同的约定要求员工赔偿经济损失。
   • 扣款时需严格遵守上述法律规定的限制，确保扣款行为合法合规。

3. 法律后果：

   • 若用人单位扣款行为符合法律规定，员工需承担相应的赔偿责任。
   • 若用人单位扣款行为违反法律规定，如扣款金额超过法定限额或未与员工协商一致等，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求用人单位纠正违法行为并支付相应的赔偿。

三、建议措施

1. 对于用人单位：

   • 建立科学的库存管理和盘点制度，通过优化流程减少人为误差。
   • 加强员工培训，提升员工规范操作能力，减少因员工失误导致的盘点损耗。
   • 发现盘点差异时，应通过调查取证明确责任主体，依据劳动合同或规章制度进行追责，并确保扣款行为合法合规。

2. 对于员工：

   • 了解自己的权益和义务，遵守用人单位的规章制度和操作流程。
   • 若用人单位随意扣减工资，应与用人单位协商解决；协商不成时，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

总结来说，盘点少了扣员工工资是否合法取决于损耗的原因以及扣款行为是否符合相关法律法规。作为员工或用人单位，都应了解并遵守相关法律法规，确保自身权益不受侵害。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。