结论前置：员工被扣工资是否合法，需根据具体情况和法律法规来判断。在大多数情况下，公司无故扣押员工工资是不合法的，但在某些法定特殊情形下，公司可以合法地扣减员工工资。
合法扣减工资的情形
代扣代缴费用
- 具体情形：公司可以按照国家法律法规的规定，从员工工资中代扣代缴个人所得税、社会保险费（如养老保险、医疗保险、失业保险等）、住房公积金等费用。此外，还包括法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费等。
- 法律依据：根据《工资支付暂行规定》第十五条，用人单位可以代扣劳动者工资的情形包括代扣代缴的个人所得税和应由劳动者个人负担的各项社会保险费用。
经济损失赔偿
- 具体情形：因员工本人原因给公司造成经济损失的，公司可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。但每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。
- 法律依据：同样依据《工资支付暂行规定》第十六条，明确了因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的赔偿方式及限额。
规章制度或劳动合同约定
- 具体情形：如果公司有合法且经过公开公示的规章制度，员工因违反这些制度而被扣除工资是合法的。此外，劳动合同中明确约定了在某些特定情况下可以扣工资，且约定内容不违法，也不得过度损害劳动者权益，如约定员工未完成销售业绩指标时，可按一定比例扣减绩效工资。
非法扣减工资的情形
无正当理由随意扣工资
- 具体情形：公司没有任何法定理由或规章制度依据，随意降低劳动者工资标准、克扣工资，属于违法行为。例如，仅因领导个人对员工不满就无故扣减工资。
因员工行使合法权利而扣工资
- 具体情形：员工依法参加社会活动或行使合法权利（如选举权、投诉权、申请劳动仲裁等），公司不能因此扣工资。此类扣工资行为违法。
超出合理范围的扣工资
- 具体情形：即使存在合法理由扣工资，如果扣减后的工资低于当地最低工资标准，也是不合法的。公司必须确保支付给员工的工资不低于当地政府规定的最低工资标准。
员工维权途径
若员工认为自己的工资被非法扣除，可采取以下措施维护权益：
与公司协商：首先尝试与公司管理层进行沟通，了解工资被扣减的具体原因，并寻求解决方案。
向劳动监察部门投诉：如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，要求公司支付被扣减的工资。劳动监察部门将对公司进行调查，并根据调查结果给出相应处理意见。
申请劳动仲裁：在必要时，员工还可以向劳动仲裁机构申请仲裁，通过法律途径解决争议。仲裁委员会将依法进行裁决，保障员工的合法权益。
注意事项
员工在维护自己权益的过程中，应当注意以下几点：
- 保留相关证据：如工资条、劳动合同、银行流水等，以证明公司存在扣减工资的行为。
- 了解法律法规：熟悉当地的劳动法律法规和相关政策，以便更好地维护自己的合法权益。
- 及时采取行动：在发现工资被扣减后，应及时采取措施维护自己的权益，避免拖延导致问题复杂化。
综上所述，员工被扣工资是否合法需根据具体情况和法律法规来判断。员工在遇到此类问题时，应了解相关法律法规，并采取适当措施维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。