结论：企业因盘点发现货物短缺而要求员工赔偿是否合法，需根据具体情况判断，包括货物短缺的原因、公司规章制度或劳动合同中的规定、员工过错程度以及赔偿方式是否符合法律规定等。
一、合法情形
员工存在明显过错：
- 若员工存在监守自盗、严重失职等故意或重大过失行为，导致公司财物损失，公司有权依据相关法律法规和公司规章制度要求员工赔偿。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关民事侵权法律规定，员工因故意或重大过失造成公司损失的，应承担赔偿责任。
公司规章制度或劳动合同中有明确规定：
- 若公司规章制度或劳动合同中明确规定，因员工故意或重大过失导致公司财物损失需赔偿，且该规定经民主程序制定并公示告知员工，则公司要求赔偿具有合理性。
- 操作建议：公司应确保规章制度或劳动合同中的赔偿条款合法有效，并遵循法定程序进行制定和公示。
赔偿方式符合法律规定：
- 即便存在赔偿条款，公司在扣除员工工资作为赔偿时也需遵守《工资支付暂行规定》，即每月扣除部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。
- 计算公式（以工资扣除为例）：
- 每月可扣除金额 = 员工当月工资 × 20%
- 扣除后剩余工资 = 员工当月工资 - 每月可扣除金额（且需确保不低于当地最低工资标准）
二、不合法情形
货物短缺由非人为因素导致：
- 若货物短缺由系统错误、自然灾害等非人为因素导致，公司无权要求员工赔偿。
公司无法提供确凿证据证明员工责任：
- 若公司无法提供充分证据证明员工过错与货物短缺之间的直接联系，要求员工赔偿可能缺乏法律依据。
赔偿要求超出法律规定的限度或未遵循法定程序：
- 若公司要求员工赔偿的金额超出法律规定的限度，或未遵循法定程序进行赔偿处理，如未经协商直接扣除工资等，可能构成违法行为。
三、员工应对措施
要求公司提供详细说明和责任认定依据：
- 员工在收到赔偿要求时，有权要求公司提供详细的短缺情况说明和责任认定依据，以评估赔偿要求的合理性。
积极与公司沟通协商：
- 如认为赔偿要求不合理，员工应积极与公司沟通协商，寻求妥善的解决方案。
了解申诉途径以维护自身权益：
- 若双方无法达成一致，员工可通过向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自身权益。
总结与建议：企业在处理盘点少货问题时，应首先查明原因，然后依据法律法规和公司规章制度来判断是否要求员工赔偿。赔偿要求需合理、合法，并遵循法定程序。同时，员工也应了解自己的权利和义务，积极应对不合理的赔偿要求。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。