针对工程款未开票但已经支付的情况，结合工程领域法律实务及税务合规要求，处理方式需分情况讨论，具体如下：

1. 若双方合同明确约定“先开票后付款”

   • 法律后果：付款方（发包方）有权以“付款条件未成就”为由抗辩，拒绝支付工程款或要求承包方先履行开票义务。
     
   • 处理建议：
     
     • 承包方应立即补开发票，避免因违约承担利息或违约金（合同有约定时）；
       
     • 若发包方以未开票为由拒付，承包方可发送书面催告函，明确要求限期付款并同步补开发票，保留送达证据；
       
     • 若发包方仍拒付，可依据《民法典》第577条起诉要求付款，但需在诉请中主动承诺补开发票，避免被反诉违约。

2. 若合同未约定开票与付款的先后顺序

   • 法律后果：开票属于承包方的附随义务，但付款是发包方的主合同义务，两者无必然先后关系。发包方不得以未开票为由拒付工程款。
     
   • 处理建议：
     
     • 承包方可直接起诉要求付款，同时主动补开发票（避免税务风险）；
       
     • 若发包方主张“未开票导致无法入账”，可要求其提供税务机关出具的“无法抵扣证明”，否则该抗辩不成立；
       
     • 法院可能判决发包方付款，同时注明“承包方应在收款后X日内补开发票”，需按判决履行。

3. 税务合规风险及补救措施

   • 风险点：未开票可能导致承包方被税务机关认定为“未申报收入”，面临补税、滞纳金及罚款；发包方若无法取得发票，可能无法在企业所得税前扣除成本。
     
   • 补救建议：
     
     • 承包方应尽快补开发票，并注明“补开”字样及原付款时间；
       
     • 若已过开票期限，可与发包方协商签订《情况说明》，确认未开票事实及补开时间，降低税务风险；
       
     • 发包方若已将款项计入“预付账款”等科目，可要求承包方补开发票后调整账目，确保合规。

总结：无论合同如何约定，承包方均应优先补开发票以规避税务风险；若发包方拒付，可结合合同条款及法律规定采取催告、诉讼等措施。具体操作需根据合同文本、付款记录等证据综合判断，建议提供详细材料进一步分析。